LXL04_039275 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039275

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 64367636-64371657 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1641 bp · LXL04_039275|LXL04_039275|OH1004|cDNA

ATGGACTGCTGGATTAGGGTAGATCTTGCCAATGATCTCCAAGAGTATTTGCTTAAGATCTGCTCCGGTGAGATTACTGGCGGTGAAGATGATAGTCACCTATCTGTGAATTTTGCCGAAGTAATCAAAGCCATACATGGACCTGATGGTGGCTTCAATGCACCCTCCAGAACCAAAAGGAGAAGCCCATGCTGGGGAAACATTGTTGATTTATCGAAACCTCTCCTCAAGCATGGGATTGATTTAAACAACTTATTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1641 bp · LXL04_039275|LXL04_039275|OH1004|CDS

ATGGACTGCTGGATTAGGGTAGATCTTGCCAATGATCTCCAAGAGTATTTGCTTAAGATCTGCTCCGGTGAGATTACTGGCGGTGAAGATGATAGTCACCTATCTGTGAATTTTGCCGAAGTAATCAAAGCCATACATGGACCTGATGGTGGCTTCAATGCACCCTCCAGAACCAAAAGGAGAAGCCCATGCTGGGGAAACATTGTTGATTTATCGAAACCTCTCCTCAAGCATGGGATTGATTTAAACAACTTATTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

546 aa · LXL04_039275|LXL04_039275|OH1004|PROTEIN

MDCWIRVDLANDLQEYLLKICSGEITGGEDDSHLSVNFAEVIKAIHGPDGGFNAPSRTKRRSPCWGNIVDLSKPLLKHGIDLNNLFSESQGCIVWNLESSGIFTVGSLRRHIDESSLASEIKEWNWHKLLPRKVNILTWRLAHGWLPTKVNLTKRGIRTNESCVLCHTGTETENHLFAECPVAVEVWSGLRLWWNKLSPLLIDNSDMTKWSKEPNGDKENLQAAVILTYIWVLWSHRNKKTHTNSLESHKGLANEIQSLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039275`
TK1151 ID	TkA04G518560
OH-1004 ID	LXL04_039275
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.081 / OH-1004 32.967 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039275

位置 Chr09:64367636-64371657 (-)

描述 Similar to CAPH2: Condensin-2 complex subunit H2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16730`	凝缩素-2 复合物的调节亚基，该复合物似乎为染色体提供额外的组织和刚性，并在建立有丝分裂染色体结构中起作用（通过相似性）。	Condensin II alleviates DNA damage and is essential for tolerance of boron overload stress in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086314

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039275 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0045739 positive regulation of DNA repair 生物过程

GO:0051306 mitotic sister chromatid separation 生物过程

GO:0000793 condensed chromosome 细胞组分

GO:0000796 condensin complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G16730

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.421

排名 1 · LXL04_039275 · OH-1004

细胞核0.395

排名 2 · LXL04_039275 · OH-1004

细胞膜0.228

排名 3 · LXL04_039275 · OH-1004

内质网0.068

排名 4 · LXL04_039275 · OH-1004

高尔基体0.056

排名 5 · LXL04_039275 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06278.17CNDH2_N6-42 aa

PF13966.12zf-RVT103-187 aa

PF06278.17CNDH2_N331-368 aa

PF16869.11CNDH2_M427-522 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039275	`PF06278.17`	CNDH2_N	6	42	1.7e-19	70.7
LXL04_039275	`PF13966.12`	zf-RVT	103	187	3.7e-18	66.7
LXL04_039275	`PF06278.17`	CNDH2_N	331	368	1.7e-19	70.7
LXL04_039275	`PF16869.11`	CNDH2_M	427	522	2.4e-23	84.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUR0`	拟南芥	Condensin-2 complex subunit H2	48.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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