基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_039143
当前版本: OH-1004
染色体: Chr09
坐标: 60701548-60711452
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA3303 bp · LXL04_039143|LXL04_039143|OH1004|cDNA
ATGTCCCATTTGTACTTGTACTTTGGTGGTGGAGAAAATGATATTGCTTGTGAGGTGGAGACTGAAACTTGGAATGCGATGTTTAAATGGATTGAGTTGGAACCAGGAAATATGGAAACGGTGAAAGGGTTGTTCTTGTGGACCGATAATCTTAACATGTCTTTGAAGAAAAGAGAGGTGATAGATGCAATTGCTTGTATTGGGATTACGACCGAAACTGAAGGTCGCTGGTGGACAAATTGGAAAGCGACGGTGCACAG...
CDS
下载 CDS FASTA3303 bp · LXL04_039143|LXL04_039143|OH1004|CDS
ATGTCCCATTTGTACTTGTACTTTGGTGGTGGAGAAAATGATATTGCTTGTGAGGTGGAGACTGAAACTTGGAATGCGATGTTTAAATGGATTGAGTTGGAACCAGGAAATATGGAAACGGTGAAAGGGTTGTTCTTGTGGACCGATAATCTTAACATGTCTTTGAAGAAAAGAGAGGTGATAGATGCAATTGCTTGTATTGGGATTACGACCGAAACTGAAGGTCGCTGGTGGACAAATTGGAAAGCGACGGTGCACAG...
1100 aa · LXL04_039143|LXL04_039143|OH1004|PROTEIN
MSHLYLYFGGGENDIACEVETETWNAMFKWIELEPGNMETVKGLFLWTDNLNMSLKKREVIDAIACIGITTETEGRWWTNWKATVHRRWGCKCGVEGVSLGTVNSRQRRQREGVSDGGTPSRRTGWSAGGTSKTYLSRTSEKRDDRRMEKLEGIRRRFLWGGDEDKRKIHWVAWEKVVTPKKKGGLGVGSIKAINIGLLVKWWWRLKTQPHSLWRKFIFGVHNLGKKPPDYLARKNMTGVWKNIAEMEKILMQIGVGFHD...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_039143 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA04G508590 |
| OH-1004 ID | LXL04_039143 |
| 关系 / 置信度 | 序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核 |
| 蛋白一致性 (%) | 100.000 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 47.545覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_039143 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr09:60701548-60711452 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to VIL3: VIN3-like protein 3 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0001666 response to hypoxia 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009908 flower development 生物过程 GO:0010048 vernalization response 生物过程 GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程 GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程 GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程 GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程 GO:0048587 regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程 GO:0070417 cellular response to cold 生物过程 GO:0140719 constitutive heterochromatin formation 生物过程 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G18880 ath:AT4G30200 ath:AT5G57380 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.691
细胞质0.209
细胞膜0.085
内质网0.043
质体0.042
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF07227.18PHD_Oberon709-829 aaPF23376.2Fn3_VIN3912-999 aaPF23380.2VIN3_C1029-1098 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_039143 | PF07227.18 | PHD_Oberon | 709 | 829 | 1.7e-32 | 112.7 |
| LXL04_039143 | PF23376.2 | Fn3_VIN3 | 912 | 999 | 2.7e-15 | 57.0 |
| LXL04_039143 | PF23380.2 | VIN3_C | 1029 | 1098 | 7.1e-31 | 106.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q5BPT4 | 拟南芥 | VIN3-like protein 3 | 36.609% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9FIE3 | 拟南芥 | Protein VERNALIZATION INSENSITIVE 3 | 40.189% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9SUM4 | 拟南芥 | VIN3-like protein 2 | 37.634% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9LHF5 | 拟南芥 | VIN3-like protein 1 | 39.721% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
P0C2F6 | 拟南芥 | Putative ribonuclease H protein At1g65750 | 35.398% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |