LXL04_039136 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039136

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 60107976-60111174 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2364 bp · LXL04_039136|LXL04_039136|OH1004|cDNA

ATGCTTGTTGGAAGGGATCTAGGGCTTCCAAACCTGGTGGTCCTGGTAGTAATATTCGTGATTTTTCCGGTGATCGGCTTTGTTATCCGCCGAAAGTTGCGACACGCGGCGGCGAGGAACGAGGAGATTAAGAAGCTTTTGATTTTGGCATCGGAAGAGGCAGCCAGGGCTGAGATTGAGGCTACATCGGGATACTTTTTCACGGCCAACACTAGTTCATCGATTCCTCCTCCGGATTCGGCCTGGGCACCGGCTCCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2364 bp · LXL04_039136|LXL04_039136|OH1004|CDS

ATGCTTGTTGGAAGGGATCTAGGGCTTCCAAACCTGGTGGTCCTGGTAGTAATATTCGTGATTTTTCCGGTGATCGGCTTTGTTATCCGCCGAAAGTTGCGACACGCGGCGGCGAGGAACGAGGAGATTAAGAAGCTTTTGATTTTGGCATCGGAAGAGGCAGCCAGGGCTGAGATTGAGGCTACATCGGGATACTTTTTCACGGCCAACACTAGTTCATCGATTCCTCCTCCGGATTCGGCCTGGGCACCGGCTCCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

787 aa · LXL04_039136|LXL04_039136|OH1004|PROTEIN

MLVGRDLGLPNLVVLVVIFVIFPVIGFVIRRKLRHAAARNEEIKKLLILASEEAARAEIEATSGYFFTANTSSSIPPPDSAWAPAPESAWVQPTASVPLVSSLKPPYQCAVCFSPTSTRCAKCKAVRYCSGRCQIVHWRQGHKDECRPYVGTKDVATSCLKKEDDKDSNNAEVHEPETDSFIQSAFDTSPSEESCAFSSTSRSSTETSSVSSGESDDFVSVQFQSTKVKPSNEDTTSSDFWSGTIDSKKSTIDETSSNGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039136`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039136

位置 Chr09:60107976-60111174 (+)

描述 Similar to UBP17: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g65450`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At4g24560`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	Ubiquitin-specific protease16 modulates salt tolerance in Arabidopsis by regulating Na(+)/H(+) antiport activity and serine hydroxymethyltransferase stability.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.106393 UBIQUITIN-SPECIFIC PROTEASE16 interacts with a HEAVY METAL ASSOCIATED ISOPRENYLATED PLANT PROTEIN27 and modulates cadmium tolerance.2013 · DOI: 10.4161/psb.25680
`At2g24640`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At4g31670`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0244300`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	Ubiquitin Specific Protease 15 Has an Important Role in Regulating Grain Width and Size in Rice.2019 · DOI: 10.1104/pp.19.00065

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039136 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:1901000 regulation of response to salt stress 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24640

ath:AT4G24560

ath:AT5G65450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.446

排名 1 · LXL04_039136 · OH-1004

细胞核0.374

排名 2 · LXL04_039136 · OH-1004

细胞膜0.124

排名 3 · LXL04_039136 · OH-1004

线粒体0.107

排名 4 · LXL04_039136 · OH-1004

内质网0.096

排名 5 · LXL04_039136 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01753.25zf-MYND109-146 aa

PF00443.36UCH370-666 aa

PF13423.13UCH_1371-648 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039136	`PF01753.25`	zf-MYND	109	146	1.5e-08	35.2
LXL04_039136	`PF00443.36`	UCH	370	666	3.1e-55	188.2
LXL04_039136	`PF13423.13`	UCH_1	371	648	4.7e-23	83.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKP5`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 17	44.934%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SB51`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 16	59.481%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJA1`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 19	53.550%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q67XW5`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 18	53.012%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0E2F9`	水稻	Ubiquitin C-terminal hydrolase 15	53.550%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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