LXL04_039072 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039072

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 58506741-58510505 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3765 bp · LXL04_039072|LXL04_039072|OH1004|cDNA

ATGGAGGCAGCCCTAGCCCCCAACTCGATCACATTTGACACGGAACTTTATGATGGCAGCAACCGATTTGAGGATTACAACAGGGAGATCCCGGCTAACGATGAGGAGGAAAACGCGGATGCCATGGACAATGAAGTTGCACGGAAGTTGGCTTCTTACACTGCCCCGAGGTCTCTGTTGAACGAGATGCCGAGGGGGGGAGACGATGATGAATCTACGGGGTTTCCGAAATCACAGAAGATTATCGACAGGGAGGACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3765 bp · LXL04_039072|LXL04_039072|OH1004|CDS

ATGGAGGCAGCCCTAGCCCCCAACTCGATCACATTTGACACGGAACTTTATGATGGCAGCAACCGATTTGAGGATTACAACAGGGAGATCCCGGCTAACGATGAGGAGGAAAACGCGGATGCCATGGACAATGAAGTTGCACGGAAGTTGGCTTCTTACACTGCCCCGAGGTCTCTGTTGAACGAGATGCCGAGGGGGGGAGACGATGATGAATCTACGGGGTTTCCGAAATCACAGAAGATTATCGACAGGGAGGACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1254 aa · LXL04_039072|LXL04_039072|OH1004|PROTEIN

MEAALAPNSITFDTELYDGSNRFEDYNREIPANDEEENADAMDNEVARKLASYTAPRSLLNEMPRGGDDDESTGFPKSQKIIDREDEYRRRRLNQVISPERHDAFANGDKTPKPETRSYADIMREAALKREKEETLKVIARRKKEEEENKAAGKEKEREREQQPQAQPSQKRRNRWDQNQEKSDGKKAKTGLDWDMPEDGMSTPGRWDATPTPGRMGDALSRKNRWDETPTPGRTGADSDSTPAGGGATPAGMAWDATPK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039072`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_039072`
位置	Chr09:58506741-58510505 (+)
描述	Similar to sf3b1: Splicing factor 3B subunit 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_039072` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程 GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0009952 anterior/posterior pattern specification 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0045945 positive regulation of transcription by RNA polymerase III 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:23451 spo:2541619 xla:399336 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.541

排名 1 · LXL04_039072 · OH-1004

细胞核0.459

排名 2 · LXL04_039072 · OH-1004

细胞膜0.139

排名 3 · LXL04_039072 · OH-1004

内质网0.048

排名 4 · LXL04_039072 · OH-1004

溶酶体／液泡0.041

排名 5 · LXL04_039072 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08920.16SF3b1267-397 aa

PF24714.2TOR1L1_N587-752 aa

PF25757.2TPR_DNAAF5588-702 aa

PF23227.2HEAT_MROH2B_C799-922 aa

PF24714.2TOR1L1_N866-1035 aa

PF20926.4Htt_N-HEAT_1890-1029 aa

PF13513.13HEAT_EZ943-991 aa

PF22646.3PPP2R1A-like_HEAT1035-1107 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039072	`PF08920.16`	SF3b1	267	397	4.2e-50	170.3
LXL04_039072	`PF24714.2`	TOR1L1_N	587	752	3.8e-17	63.3
LXL04_039072	`PF25757.2`	TPR_DNAAF5	588	702	3e-10	40.5
LXL04_039072	`PF23227.2`	HEAT_MROH2B_C	799	922	5.1e-14	53.0
LXL04_039072	`PF24714.2`	TOR1L1_N	866	1035	3.8e-17	63.3
LXL04_039072	`PF20926.4`	Htt_N-HEAT_1	890	1029	1.9e-07	32.3
LXL04_039072	`PF13513.13`	HEAT_EZ	943	991	1.5e-13	51.6
LXL04_039072	`PF22646.3`	PPP2R1A-like_HEAT	1035	1107	2.3e-22	79.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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