LXL04_039054 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039054

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 57640611-57642476 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1866 bp · LXL04_039054|LXL04_039054|OH1004|cDNA

ATGTCTCAAACAAGAGCGAGGGCATTCCAAACGGTGAAATCTGTTAATTATTACTATAAGGTATGTAGTACTACAAATGCTTCACGCAGTTATTGCTCAAGTAGTTCCTTCAAAGCCCACCCTTTTGTTAAAGAAATTAGCACTCTTAGTTCTGCGGCCAAGAATGTGAGCTCTGATTTCCGAAACCCTAATGAGTTCCCAGGTGCTGGCACAAACTATAATGGATACGGCAAAGATTGGTCTACAGAAAGTAAAAGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1866 bp · LXL04_039054|LXL04_039054|OH1004|CDS

ATGTCTCAAACAAGAGCGAGGGCATTCCAAACGGTGAAATCTGTTAATTATTACTATAAGGTATGTAGTACTACAAATGCTTCACGCAGTTATTGCTCAAGTAGTTCCTTCAAAGCCCACCCTTTTGTTAAAGAAATTAGCACTCTTAGTTCTGCGGCCAAGAATGTGAGCTCTGATTTCCGAAACCCTAATGAGTTCCCAGGTGCTGGCACAAACTATAATGGATACGGCAAAGATTGGTCTACAGAAAGTAAAAGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

621 aa · LXL04_039054|LXL04_039054|OH1004|PROTEIN

MSQTRARAFQTVKSVNYYYKVCSTTNASRSYCSSSSFKAHPFVKEISTLSSAAKNVSSDFRNPNEFPGAGTNYNGYGKDWSTESKSEYERHRKQLYNLNGNYPYNIMDHSSNRLSEEGRSVKGGGNDQYLKNNVIFQENQGNYYMREDDLHRQSQYNVNGSYSGNASSNQQSSVKNYQYNVTGSSSSDASSYQQSIVVNDQLPNGSCSDMVNSQLQAVDERRLLGTIQELDAFCKNGKLKEAVEVLDLLEQNKVSVDIPR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039054`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039054

位置 Chr09:57640611-57642476 (+)

描述 Similar to PCMP-H63: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32450, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32450`	含五聚肽重复的蛋白 At4g32450，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At2g25580`	含五聚肽序列重复的蛋白At2g25580。	暂无已核实直接文献
`At2g34370`	含五肽重复序列的线粒体蛋白At2g34370。	暂无已核实直接文献
`At1g29710`	含五螺旋肽重复结构蛋白 At1g29710，线粒体型。	暂无已核实直接文献
`At2g15690`	含五重复肽的蛋白At2g15690，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039054 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29710

ath:AT2G15690

ath:AT2G25580

ath:AT2G34370

ath:AT4G32450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.446

排名 1 · LXL04_039054 · OH-1004

线粒体0.394

排名 2 · LXL04_039054 · OH-1004

细胞核0.096

排名 3 · LXL04_039054 · OH-1004

细胞质0.050

排名 4 · LXL04_039054 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 5 · LXL04_039054 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276.3TPR_24230-318 aa

PF17177.11PPR_long261-421 aa

PF13041.13PPR_2292-325 aa

PF13041.13PPR_2323-359 aa

PF01535.27PPR326-352 aa

PF14432.13DYW_deaminase529-621 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039054	`PF23276.3`	TPR_24	230	318	1.1e-09	39.0
LXL04_039054	`PF17177.11`	PPR_long	261	421	5.2e-07	30.0
LXL04_039054	`PF13041.13`	PPR_2	292	325	4.4e-22	78.6
LXL04_039054	`PF13041.13`	PPR_2	323	359	4.4e-22	78.6
LXL04_039054	`PF01535.27`	PPR	326	352	1.1e-21	76.1
LXL04_039054	`PF14432.13`	DYW_deaminase	529	621	9.4e-42	141.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SUU7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32450, mitochondrial	51.515%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q680H3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g25580	50.380%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S8Q7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g34370, mitochondrial	47.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C6G2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g29710, mitochondrial	42.821%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZQE5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15690, mitochondrial	37.374%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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