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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_038938
当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 53668003-53670888 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2886 bp · LXL04_038938|LXL04_038938|OH1004|cDNA

ATGGAATTTCCTGAATTCCCACATCTTAAAATGCATCTTCGCTCAAGAACTCCACTTAAAAATCTCTTCTTCAATGCCTTCAATAAAACCCATTTCATCTCCCTCTTCAAGAACTCTCCTCAGTCTTACACACAGAAGTCCTCTATTTCATCCTACTTCACTTCTCTACAACTCAGCCCACCTACACCTGAAACCCATTCACCCCTTAAAAGGAAACGCTCTCTTAAAAAGTGGGATAAAGAGAAGCTAAGACGGTATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2886 bp · LXL04_038938|LXL04_038938|OH1004|CDS

ATGGAATTTCCTGAATTCCCACATCTTAAAATGCATCTTCGCTCAAGAACTCCACTTAAAAATCTCTTCTTCAATGCCTTCAATAAAACCCATTTCATCTCCCTCTTCAAGAACTCTCCTCAGTCTTACACACAGAAGTCCTCTATTTCATCCTACTTCACTTCTCTACAACTCAGCCCACCTACACCTGAAACCCATTCACCCCTTAAAAGGAAACGCTCTCTTAAAAAGTGGGATAAAGAGAAGCTAAGACGGTATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

961 aa · LXL04_038938|LXL04_038938|OH1004|PROTEIN

MEFPEFPHLKMHLRSRTPLKNLFFNAFNKTHFISLFKNSPQSYTQKSSISSYFTSLQLSPPTPETHSPLKRKRSLKKWDKEKLRRYSEKLRDCAANRSLNEGKAIHKQIKESDIELDSHLWVSLINFYAKCGCLSVARQVLDEMPQKDVVSWTALISGFVGEGCGTEALHLFLEMHEEDIKPNEFTIATVLKACCVSSNMEFGKQLHGEILKSGFFSDGHVGSSLVDLYAKCGDLENAEKVCLFLPEQNPVSWNSLLNGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_038938
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_038938
位置Chr09:53668003-53670888 (-)
描述Similar to PCMP-H42: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At4g33170 含五肽重复序列的蛋白 At4g33170。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At2g27610 含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。 暂无已核实直接文献
At3g63370 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038938 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G57430
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.649
排名 1 · LXL04_038938 · OH-1004
质体0.239
排名 2 · LXL04_038938 · OH-1004
细胞核0.048
排名 3 · LXL04_038938 · OH-1004
细胞质0.037
排名 4 · LXL04_038938 · OH-1004
细胞膜0.007
排名 5 · LXL04_038938 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2147-195 aa
PF01535.27PPR150-180 aa
PF13041.13PPR_2249-296 aa
PF01535.27PPR251-278 aa
PF17177.11PPR_long261-402 aa
PF13041.13PPR_2349-395 aa
PF13812.13PPR_3349-395 aa
PF13812.13PPR_3546-594 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_038938PF13041.13PPR_21471951e-87288.8
LXL04_038938PF01535.27PPR1501801.1e-64211.0
LXL04_038938PF13041.13PPR_22492961e-87288.8
LXL04_038938PF01535.27PPR2512781.1e-64211.0
LXL04_038938PF17177.11PPR_long2614024.8e-2175.8
LXL04_038938PF13041.13PPR_23493951e-87288.8
LXL04_038938PF13812.13PPR_33493951.1e-43147.8
LXL04_038938PF13812.13PPR_35465941.1e-43147.8
LXL04_038938PF13041.13PPR_25485951e-87288.8
LXL04_038938PF01535.27PPR5505801.1e-64211.0
LXL04_038938PF13041.13PPR_26516981e-87288.8
LXL04_038938PF01535.27PPR6536831.1e-64211.0
LXL04_038938PF29070.1MSC6_N6557472e-1970.6
LXL04_038938PF20431.5E_motif7718331.3e-2796.5
LXL04_038938PF14432.13DYW_deaminase8699611.3e-37128.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SVP7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365033.566%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SMZ2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3317033.333%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7Y211拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic35.245%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9ZUW3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2761035.422%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9M1V3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic33.371%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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