LXL04_038934 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038934

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 53595428-53599145 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

561 bp · LXL04_038934|LXL04_038934|OH1004|cDNA

ATGCAATTCTGGATTGTGTTGACTGGTCTGTTGACTAACCAAAAGATTTGCAAAGGGTTTAAGAGCTGGAAGCAGTTGCGGATCATTCCTGTCAAAAGCTTCAGCAATCAAGGGCAGTTTGGTCTTTTCAATTGGCAGCCTACTGCTAATCACAAGGACTATGATCATATTGGTTTTATTTGGAATTTCTCGGCTGTCTTCAATTTACTGGAATGGTTACATTGGAAAAAAAAGTTTGTTGCTATTGTTGCTGATGAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

561 bp · LXL04_038934|LXL04_038934|OH1004|CDS

ATGCAATTCTGGATTGTGTTGACTGGTCTGTTGACTAACCAAAAGATTTGCAAAGGGTTTAAGAGCTGGAAGCAGTTGCGGATCATTCCTGTCAAAAGCTTCAGCAATCAAGGGCAGTTTGGTCTTTTCAATTGGCAGCCTACTGCTAATCACAAGGACTATGATCATATTGGTTTTATTTGGAATTTCTCGGCTGTCTTCAATTTACTGGAATGGTTACATTGGAAAAAAAAGTTTGTTGCTATTGTTGCTGATGAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

186 aa · LXL04_038934|LXL04_038934|OH1004|PROTEIN

MQFWIVLTGLLTNQKICKGFKSWKQLRIIPVKSFSNQGQFGLFNWQPTANHKDYDHIGFIWNFSAVFNLLEWLHWKKKFVAIVADEVHGSRLGGKNLEHPWFPGTVLESCCSLGPEGRTAADIIQEVRLSLTILPRRQQIIKSTLRRIYNRNSSAALAILRLVFHDCFVQGCDAAVLLDPTETIGS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038934`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038934

位置 Chr09:53595428-53599145 (+)

描述 Similar to PER48: Putative Peroxidase 48

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33870`	去除 H(2)O(2)，氧化有毒还原剂，木质素的生物合成与降解，角质化，生长素分解，对如创伤、病原体侵染和氧化应激等环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献
`At2g18140`	去除 H(2)O(2)，氧化有毒还原剂，木质素的生物合成与降解，角质化，生长素分解，对如创伤、病原体侵染和氧化应激等环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献
`At3g03670`	去除 H(2)O(2)，氧化有毒还原剂，木质素的生物合成与降解，角质化，生长素分解，对如创伤、病原体侵染和氧化应激等环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献
`At2g18150`	去除 H(2)O(2)，氧化有毒还原剂，木质素的生物合成与降解，角质化，生长素分解，对如创伤、病原体侵染和氧化应激等环境胁迫的响应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038934 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

GO:0042744 hydrogen peroxide catabolic process 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0004601 peroxidase activity 分子功能

GO:0020037 heme binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18140

ath:AT2G18150

ath:AT3G03670

ath:AT4G33870

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.410

排名 1 · LXL04_038934 · OH-1004

细胞核0.340

排名 2 · LXL04_038934 · OH-1004

线粒体0.224

排名 3 · LXL04_038934 · OH-1004

细胞膜0.094

排名 4 · LXL04_038934 · OH-1004

内质网0.065

排名 5 · LXL04_038934 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00141.29peroxidase142-179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038934	`PF00141.29`	peroxidase	142	179	2.6e-09	38.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81755`	拟南芥	Putative Peroxidase 48	53.061%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SI17`	拟南芥	Peroxidase 14	44.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SS67`	拟南芥	Peroxidase 28	44.898%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SI16`	拟南芥	Peroxidase 15	44.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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