LXL04_038847 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038847

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 51941122-51945170 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1965 bp · LXL04_038847|LXL04_038847|OH1004|cDNA

ATGACACATATTGCTGCTACTCATTTCCCTGGAGGACCTCAATCAGGATCCTCTGGTGATGCCTTGTACAAAGAGTTATGGCATGCCTGTGCTGGCCCCCTTGTCAATGTCCCCTGTGAAGGAGAACGTGTTTATTACTTCCCTCAAGGCCACATGGAACAGCTTGAGGCTTCCATGCATCAAGGATTAGACCAGCAGCTCCCATCATTTAACTTACCAGCCAAAATACTTTGTAAAGTGGTGAATGTTCAGCTTCGGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1965 bp · LXL04_038847|LXL04_038847|OH1004|CDS

ATGACACATATTGCTGCTACTCATTTCCCTGGAGGACCTCAATCAGGATCCTCTGGTGATGCCTTGTACAAAGAGTTATGGCATGCCTGTGCTGGCCCCCTTGTCAATGTCCCCTGTGAAGGAGAACGTGTTTATTACTTCCCTCAAGGCCACATGGAACAGCTTGAGGCTTCCATGCATCAAGGATTAGACCAGCAGCTCCCATCATTTAACTTACCAGCCAAAATACTTTGTAAAGTGGTGAATGTTCAGCTTCGGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

654 aa · LXL04_038847|LXL04_038847|OH1004|PROTEIN

MTHIAATHFPGGPQSGSSGDALYKELWHACAGPLVNVPCEGERVYYFPQGHMEQLEASMHQGLDQQLPSFNLPAKILCKVVNVQLRAEPETDEVYAQITLLPDTNQNEVTSPDPPPPEPPSCTVHSFCKTLTASDTSTHGGFSVLRRHADDCLPPLDMSQQPPWQELVASDLHGNEWHFRHIFRGQPRRHLLTTGWSVFVSAKKLVAGDAFIFLRGENGELRVGVRRVMRLLNNMPSSVISSHSMHLGVLATASHAIATG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038847`
TK1151 ID	TkA04G471510
OH-1004 ID	LXL04_038847
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.870 / OH-1004 99.388 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038847

位置 Chr09:51941122-51945170 (+)

描述 Similar to ARF1: Auxin response factor 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g59750`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g61830`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g46530`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0557200`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os04g0442000`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038847 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008219 cell death 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59750

ath:AT2G46530

ath:AT3G61830

dosa:Os02g0557200

dosa:Os04g0442000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.963

排名 1 · LXL04_038847 · OH-1004

细胞质0.096

排名 2 · LXL04_038847 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 3 · LXL04_038847 · OH-1004

内质网0.018

排名 4 · LXL04_038847 · OH-1004

质体0.015

排名 5 · LXL04_038847 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02362.27B3127-227 aa

PF25313.2BRWD_AD252-358 aa

PF06507.20ARF_AD276-358 aa

PF02309.23AUX_IAA529-568 aa

PF02309.23AUX_IAA579-623 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038847	`PF02362.27`	B3	127	227	2.8e-23	82.5
LXL04_038847	`PF25313.2`	BRWD_AD	252	358	9.9e-13	49.2
LXL04_038847	`PF06507.20`	ARF_AD	276	358	6.2e-35	119.7
LXL04_038847	`PF02309.23`	AUX_IAA	529	568	3.5e-14	53.8
LXL04_038847	`PF02309.23`	AUX_IAA	579	623	3.5e-14	53.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7G0`	拟南芥	Auxin response factor 1	66.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C5W9`	拟南芥	Auxin response factor 18	53.639%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZPY6`	拟南芥	Auxin response factor 11	52.083%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6YVY0`	水稻	Auxin response factor 7	63.692%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JCZ4`	水稻	Auxin response factor 9	62.575%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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