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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_038833
当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 51626551-51628890 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2115 bp · LXL04_038833|LXL04_038833|OH1004|cDNA

ATGACGCTAGCTCGATTACTCATCCGCTCCCTCTGCCGTCCCTCATCTCTCCGGGCCACCGCTACCACGGCTGCTTCCTTCAACATCCAATCTCCATCTCTCCCATCTCAAACAGCAAACCCTAACTTCCTTATCCCTGTTAGATCCTTCGCCTTTTCTTCAGCCGAGGAAGCTGCGGCCGAACGCCGACGTCGCAAACGTCGCCTCCGTATCGAGCCCCCGTTACACGCCCTCCAGCGTGATCCCAATGCCCCACGGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2115 bp · LXL04_038833|LXL04_038833|OH1004|CDS

ATGACGCTAGCTCGATTACTCATCCGCTCCCTCTGCCGTCCCTCATCTCTCCGGGCCACCGCTACCACGGCTGCTTCCTTCAACATCCAATCTCCATCTCTCCCATCTCAAACAGCAAACCCTAACTTCCTTATCCCTGTTAGATCCTTCGCCTTTTCTTCAGCCGAGGAAGCTGCGGCCGAACGCCGACGTCGCAAACGTCGCCTCCGTATCGAGCCCCCGTTACACGCCCTCCAGCGTGATCCCAATGCCCCACGGCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

704 aa · LXL04_038833|LXL04_038833|OH1004|PROTEIN

MTLARLLIRSLCRPSSLRATATTAASFNIQSPSLPSQTANPNFLIPVRSFAFSSAEEAAAERRRRKRRLRIEPPLHALQRDPNAPRPRRDPNQPDTTSALVGPRLSLHNRVQSLIRAGDLDNASVVARQSVFSSTRPTVFTCNAIIGSMYRAKRYLDAIALFAYFFKQCNIVPNVVSYNFLIVSHCENGEVDKALEVYQHIKDNAPFSPSAVTFRHLTKGLIDAGRINEAVEMLWKMVGDGHGADSQVFNNIISGFLNLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_038833
TK1151 IDTkA04G469890
OH-1004 IDLXL04_038833
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 84.211 / OH-1004 84.091
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_038833
位置Chr09:51626551-51628890 (+)
描述Similar to GRP23: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10270
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g10270 可能作为转录调节因子，在早期胚胎发生中必需。
Arabidopsis GLUTAMINE-RICH PROTEIN23 is essential for early embryogenesis and encodes a novel nuclear PPR motif protein that interacts with RNA polymerase II subunit III.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039495
At3g49240 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献
At3g60980 含五重复肽基序蛋白 At3g60980，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At3g60960 含五重复肽基序蛋白 At3g60960，线粒体型。 暂无已核实直接文献
At1g09900 含五重复肽结构蛋白 At1g09900。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038833 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009960 endosperm development 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09900
ath:AT1G10270
ath:AT3G49240
ath:AT3G60960
ath:AT3G60980
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.696
排名 1 · LXL04_038833 · OH-1004
质体0.258
排名 2 · LXL04_038833 · OH-1004
细胞核0.056
排名 3 · LXL04_038833 · OH-1004
细胞质0.040
排名 4 · LXL04_038833 · OH-1004
细胞膜0.016
排名 5 · LXL04_038833 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N142-269 aa
PF12854.14PPR_1170-198 aa
PF13041.13PPR_2173-221 aa
PF01535.27PPR176-203 aa
PF23276.3TPR_24176-270 aa
PF29070.1MSC6_N285-379 aa
PF29070.1MSC6_N355-517 aa
PF13041.13PPR_2394-439 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_038833PF29070.1MSC6_N1422692.9e-1970.2
LXL04_038833PF12854.14PPR_11701984.7e-37126.1
LXL04_038833PF13041.13PPR_21732211.7e-50169.6
LXL04_038833PF01535.27PPR1762037.3e-40133.2
LXL04_038833PF23276.3TPR_241762701.2e-1661.5
LXL04_038833PF29070.1MSC6_N2853792.9e-1970.2
LXL04_038833PF29070.1MSC6_N3555172.9e-1970.2
LXL04_038833PF13041.13PPR_23944391.7e-50169.6
LXL04_038833PF12854.14PPR_14254574.7e-37126.1
LXL04_038833PF13041.13PPR_24284611.7e-50169.6
LXL04_038833PF23276.3TPR_244315251.2e-1661.5
LXL04_038833PF01535.27PPR4324617.3e-40133.2
LXL04_038833PF13041.13PPR_24745111.7e-50169.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SY69拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1027061.240%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9M3A8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49240, mitochondrial36.023%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LEX5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g60980, mitochondrial38.421%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LEX6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g60960, mitochondrial33.659%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q3EDF8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0990022.360%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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