LXL04_038790 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038790

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 50698724-50700455 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1465 bp · LXL04_038790|LXL04_038790|OH1004|cDNA

TGCAGAATTCATGGCACATAGGATACTAAGAGATGTTGAAGCTGATGGTTGGGAACGCTCTGATTTTCCAATCATATGTGAATCATGCCTAGGTGACAATCCATACATTCGGATGACAAAATCAGATTATGACAAGGAGTGCAAGATCTGCACCAGGCCATTCACGGTCTTCAGGTGGAGACCTGGTCGTGATGCAAGATACAAGAAGACCGAGATCTGCCAAACTTGCAGCAAATTGAAAAACGTTTGCCAAGTCTGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1455 bp · LXL04_038790|LXL04_038790|OH1004|CDS

ATGGCACATAGGATACTAAGAGATGTTGAAGCTGATGGTTGGGAACGCTCTGATTTTCCAATCATATGTGAATCATGCCTAGGTGACAATCCATACATTCGGATGACAAAATCAGATTATGACAAGGAGTGCAAGATCTGCACCAGGCCATTCACGGTCTTCAGGTGGAGACCTGGTCGTGATGCAAGATACAAGAAGACCGAGATCTGCCAAACTTGCAGCAAATTGAAAAACGTTTGCCAAGTCTGTCTTCTAGATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

484 aa · LXL04_038790|LXL04_038790|OH1004|PROTEIN

MAHRILRDVEADGWERSDFPIICESCLGDNPYIRMTKSDYDKECKICTRPFTVFRWRPGRDARYKKTEICQTCSKLKNVCQVCLLDLEYGLPVQVRDTALSITSHDSIPKSDVNREYFAEEHDRKARAGLDYESSYGKARPNDTILKLQRTTPYYKRNRAHVCSFFIRGECTRGAECPYRHEMPETGELSQQNIKDRYYGVNDPVALKLLSKAGEMPSLEPPDDESIRTLYVGGLDERVSEQDLRDNFYTHGEIESVKMV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038790`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038790

位置 Chr09:50698724-50700455 (+)

描述 Similar to Os06g0170500: Zinc finger CCCH domain-containing protein 40

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07360`	含锌指CCCH结构域的蛋白质4。	暂无已核实直接文献
`At2g29580`	含锌指CCCH结构域的蛋白25。	暂无已核实直接文献
`At5g07060`	含锌指CCCH结构域的蛋白53。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0170500`	含锌指CCCH结构域的蛋白40。	暂无已核实直接文献
`Os07g0281000`	含锌指CCCH结构域蛋白49。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0071006 U2-type catalytic step 1 spliceosome 细胞组分

GO:0071007 U2-type catalytic step 2 spliceosome 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0017070 U6 snRNA binding 分子功能

GO:0036002 pre-mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07360

ath:AT2G29580

ath:AT5G07060

dosa:Os06g0170500

dosa:Os07g0281000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.788

排名 1 · LXL04_038790 · OH-1004

细胞质0.363

排名 2 · LXL04_038790 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_038790 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_038790 · OH-1004

线粒体0.018

排名 5 · LXL04_038790 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21369.4STL11_N20-110 aa

PF16131.12Torus149-193 aa

PF25584.1zf-CCCH_RBM22157-183 aa

PF00076.29RRM_1230-287 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038790	`PF21369.4`	STL11_N	20	110	2.3e-31	109.0
LXL04_038790	`PF16131.12`	Torus	149	193	9.1e-08	33.4
LXL04_038790	`PF25584.1`	zf-CCCH_RBM22	157	183	9.9e-12	45.4
LXL04_038790	`PF00076.29`	RRM_1	230	287	7.1e-13	48.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LNV5`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 4	77.889%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZW36`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 25	67.404%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FL40`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 53	54.115%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5SNN4`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 40	79.644%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z358`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 49	79.795%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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