LXL04_038754 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038754

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 49763153-49765729 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1202 bp · LXL04_038754|LXL04_038754|OH1004|cDNA

ATTTAGAATCATAGAAAATGGACAAGTACGAGCTTGTGAAGGATATAGGATCTGGGAATTTTGGCGTTGCCAGGTTGATGAGGAACAAGGTCACCAAAGAGCTTGTTGCCATGAAATATATAGAAAGAGGGCATAAGATTGATGAAAATGTTGCCCGAGAGATCATAAATCACAGATCGCTTCGTCACCCGAATATAATTCGGTTTAGAGAGGCAAGTAAATCTTTCTTACCATCACAATTAATTCATATTATCAATTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1185 bp · LXL04_038754|LXL04_038754|OH1004|CDS

ATGGACAAGTACGAGCTTGTGAAGGATATAGGATCTGGGAATTTTGGCGTTGCCAGGTTGATGAGGAACAAGGTCACCAAAGAGCTTGTTGCCATGAAATATATAGAAAGAGGGCATAAGATTGATGAAAATGTTGCCCGAGAGATCATAAATCACAGATCGCTTCGTCACCCGAATATAATTCGGTTTAGAGAGGCAAGTAAATCTTTCTTACCATCACAATTAATTCATATTATCAATTATGGTCAACAATATTCATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

394 aa · LXL04_038754|LXL04_038754|OH1004|PROTEIN

MDKYELVKDIGSGNFGVARLMRNKVTKELVAMKYIERGHKIDENVAREIINHRSLRHPNIIRFREASKSFLPSQLIHIINYGQQYSYIVVLTPTHLAIVMEYAAGGELFDRICNAGRFSEDEARYFFQQLISGVHYCHFMQICHRDLKLENTLLDGSPAPRLKICDFGYSKSSLLHSRPKSTVGTPAYIAPEVLSRREYDGKMADVWSCGVTLYVMLVGAYPFEDQEDPKNFRKTIHRIMAVQYKIPDYVHISQDCRHLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038754`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038754

位置 Chr09:49763153-49765729 (-)

描述 Similar to SRK2B: Serine/threonine-protein kinase SRK2B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60940`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 SRK2B。	暂无已核实直接文献
`At1g10940`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 SRK2A。	暂无已核实直接文献
`At5g63650`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 SRK2H。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0432000`	可能在高渗反应的信号转导中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0551100`	可能在高渗应答信号转导中起作用（可能）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038754 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0080022 primary root development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10940

ath:AT1G60940

ath:AT5G63650

dosa:Os02g0551100

dosa:Os04g0432000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.561

排名 1 · LXL04_038754 · OH-1004

细胞核0.458

排名 2 · LXL04_038754 · OH-1004

细胞膜0.158

排名 3 · LXL04_038754 · OH-1004

线粒体0.062

排名 4 · LXL04_038754 · OH-1004

高尔基体0.055

排名 5 · LXL04_038754 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase4-283 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr89-279 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038754	`PF00069.32`	Pkinase	4	283	4.9e-66	223.5
LXL04_038754	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	89	279	2.2e-26	93.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C958`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase SRK2B	81.579%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P43291`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase SRK2A	77.238%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FFP9`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase SRK2H	78.209%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XQP4`	水稻	Serine/threonine-protein kinase SAPK7	73.990%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZI44`	水稻	Serine/threonine-protein kinase SAPK6	72.010%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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