LXL04_038536 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038536

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 43522439-43525421 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1263 bp · LXL04_038536|LXL04_038536|OH1004|cDNA

ATGGCGGTGGAGTATGAGTGTTGCGAGTATCAGTTCTTCTTGCACATAGGAATCATAGCGTTTTTGGTTCTGTTTGCTGGTTTGATGTCTGGACTTACGTTGGGGCTTATGTCTTTGAGTCTCGTTGATCTTGAAGTTCTTGCCAAATCCGGTACTCCAAAAGATCGTAAATATGCAGAGAAGATATTACCAGTGGTCAAAAAACAGCATTTACTACTTTGCACTCTTCTGATTTGCAATGCAGCTGCAATGGAGGCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1263 bp · LXL04_038536|LXL04_038536|OH1004|CDS

ATGGCGGTGGAGTATGAGTGTTGCGAGTATCAGTTCTTCTTGCACATAGGAATCATAGCGTTTTTGGTTCTGTTTGCTGGTTTGATGTCTGGACTTACGTTGGGGCTTATGTCTTTGAGTCTCGTTGATCTTGAAGTTCTTGCCAAATCCGGTACTCCAAAAGATCGTAAATATGCAGAGAAGATATTACCAGTGGTCAAAAAACAGCATTTACTACTTTGCACTCTTCTGATTTGCAATGCAGCTGCAATGGAGGCACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

420 aa · LXL04_038536|LXL04_038536|OH1004|PROTEIN

MAVEYECCEYQFFLHIGIIAFLVLFAGLMSGLTLGLMSLSLVDLEVLAKSGTPKDRKYAEKILPVVKKQHLLLCTLLICNAAAMEALPIFLDSLVTAWGAILISVTLILLFGEIIPQSVCTRYGLAIGAYVAPFVRVLVWVCFPVAYPISKLLDYLLGHEHVALFRRAELKTLVNLHGNEAGKGGELTHDETTIIAGALELTEKTASDAMTPISDTFSLDINAKLDRDLMNIIIERGHSRIPIYYEQPTNIIGLVLVKNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038536`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038536

位置 Chr09:43522439-43525421 (+)

描述 Similar to CBSDUF6: DUF21 domain-containing protein At4g33700

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33700`	含有DUF21结构域的蛋白At4g33700。	暂无已核实直接文献
`At2g14520`	含 DUF21 域的蛋白 At2g14520。	暂无已核实直接文献
`At1g47330`	含DUF21结构域蛋白 At1g47330。	暂无已核实直接文献
`At5g52790`	含DUF21结构域的蛋白质 At5g52790。	暂无已核实直接文献
`At4g14240`	含DUF21结构域的蛋白At4g14240。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038536 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010960 magnesium ion homeostasis 生物过程

GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G47330

ath:AT2G14520

ath:AT4G14240

ath:AT4G33700

ath:AT5G52790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.598

排名 1 · LXL04_038536 · OH-1004

内质网0.174

排名 2 · LXL04_038536 · OH-1004

溶酶体／液泡0.157

排名 3 · LXL04_038536 · OH-1004

细胞质0.156

排名 4 · LXL04_038536 · OH-1004

高尔基体0.110

排名 5 · LXL04_038536 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01595.26CNNM18-189 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038536	`PF01595.26`	CNNM	18	189	6.6e-37	127.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZI2`	拟南芥	DUF21 domain-containing protein At4g33700	77.103%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZQR4`	拟南芥	DUF21 domain-containing protein At2g14520	76.941%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RY60`	拟南芥	DUF21 domain-containing protein At1g47330	55.882%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LTD8`	拟南芥	DUF21 domain-containing protein At5g52790	56.595%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67XQ0`	拟南芥	DUF21 domain-containing protein At4g14240	53.110%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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