LXL04_038529 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038529

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 43341845-43343383 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1539 bp · LXL04_038529|LXL04_038529|OH1004|cDNA

ATGACACAAGAAACAGGAATGTTCACGGTCCAAGAAACCATAGGCAGCGTCCTCTGCTGCAAATGCGGCATCTCAATGACCCCAAATGCCGCCAACATGTGTGTCAAATGCCTCCGTTCAGAAATCGACATCACCGAAAACCTCCAAAAACACATCACCATAATCCACTGCCCAGAATGCGACACCTACCTCCAACCCCCCCGCACATGGATCAAAGCCCAACCCGAATCAAAAGAGCTCCTTACTTTCTGCGTCAAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1539 bp · LXL04_038529|LXL04_038529|OH1004|CDS

ATGACACAAGAAACAGGAATGTTCACGGTCCAAGAAACCATAGGCAGCGTCCTCTGCTGCAAATGCGGCATCTCAATGACCCCAAATGCCGCCAACATGTGTGTCAAATGCCTCCGTTCAGAAATCGACATCACCGAAAACCTCCAAAAACACATCACCATAATCCACTGCCCAGAATGCGACACCTACCTCCAACCCCCCCGCACATGGATCAAAGCCCAACCCGAATCAAAAGAGCTCCTTACTTTCTGCGTCAAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

512 aa · LXL04_038529|LXL04_038529|OH1004|PROTEIN

MTQETGMFTVQETIGSVLCCKCGISMTPNAANMCVKCLRSEIDITENLQKHITIIHCPECDTYLQPPRTWIKAQPESKELLTFCVKRIKNLNKLRLIHAEFIWTEPHSKRLKVKLKVQKEVLNGAVLEQSHTSEYTVQDQMCDSCSRAQANPDQWVASVQLRQQVAHRRTFFYLEQLILTHDAAIKATRIKQMDRGIDFFFSTRSHAAKFLEFLQKVAPIKSRHDKQLVSHDTKSNHYNYRYTFSVEISPICREDLVLLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038529`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_038529`
位置	Chr09:43341845-43343383 (+)
描述	Similar to Nmd3: 60S ribosomal export protein NMD3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038529` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000055 ribosomal large subunit export from nucleus 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程 GO:1902680 positive regulation of RNA biosynthetic process 生物过程 GO:1904751 positive regulation of protein localization to nucleolus 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0030674 protein-macromolecule adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0271306 hsa:51068 mmu:97112 pon:100174372 xtr:394998 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.843

排名 1 · LXL04_038529 · OH-1004

细胞质0.243

排名 2 · LXL04_038529 · OH-1004

线粒体0.016

排名 3 · LXL04_038529 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 4 · LXL04_038529 · OH-1004

内质网0.014

排名 5 · LXL04_038529 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29994.1NMD3_N19-149 aa

PF04981.20NMD3154-248 aa

PF21193.4NMD_SH3251-295 aa

PF21192.4OB_NMD3315-405 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038529	`PF29994.1`	NMD3_N	19	149	5.8e-34	118.2
LXL04_038529	`PF04981.20`	NMD3	154	248	1.7e-31	109.4
LXL04_038529	`PF21193.4`	NMD_SH3	251	295	1.7e-18	67.2
LXL04_038529	`PF21192.4`	OB_NMD3	315	405	7.6e-31	107.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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