LXL04_038491 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038491

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 42424681-42426977 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1023 bp · LXL04_038491|LXL04_038491|OH1004|cDNA

ATGGCGGCGGTGCCACCAGTCACCGGCATGGAGCTAAACAGTCCTCCCTCCGACGGCATATCCAACCTCCGCTTCTCTCACCACTCTGATCATCTCCTCGTCTCTTCCTGGGACAAACGTGTGCGCCTATACGATGCAAGTGCCAATGTGTTAAGAGGAGAGTTTCTACACGGAGGTGCAGTCCTTGATTGCTGCTTCCATGACGACACCTCTGGTTTTAGTGCTAGTGCTGATAACACTGTCACAAGGCTTGTTTTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1023 bp · LXL04_038491|LXL04_038491|OH1004|CDS

ATGGCGGCGGTGCCACCAGTCACCGGCATGGAGCTAAACAGTCCTCCCTCCGACGGCATATCCAACCTCCGCTTCTCTCACCACTCTGATCATCTCCTCGTCTCTTCCTGGGACAAACGTGTGCGCCTATACGATGCAAGTGCCAATGTGTTAAGAGGAGAGTTTCTACACGGAGGTGCAGTCCTTGATTGCTGCTTCCATGACGACACCTCTGGTTTTAGTGCTAGTGCTGATAACACTGTCACAAGGCTTGTTTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

340 aa · LXL04_038491|LXL04_038491|OH1004|PROTEIN

MAAVPPVTGMELNSPPSDGISNLRFSHHSDHLLVSSWDKRVRLYDASANVLRGEFLHGGAVLDCCFHDDTSGFSASADNTVTRLVFDNEREDVLGRHDAPVRCIEYSYATGQVITGSWDKTLKCWDPRGGGAQERALVGTYGQPERVYSISLVGNRVVVATAGRHVNVYDLRNMSQPEQRRESSLKYQTRCVQCYPNGTGYALSSVEGRVAMEFFELTESGQAKKYAFKCHRKSEAGRDIVYPVNAIAFHPVYGTFATGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038491`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038491

位置 Chr09:42424681-42426977 (-)

描述 Similar to BUB3.1: Mitotic checkpoint protein BUB3.1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19590`	在纺锤体组装检查点信号转导及促进正确的动粒-微管（K-MT）连接建立中发挥双重作用。	The Arabidopsis checkpoint protein Bub3.1 is essential for gametophyte development.2008 · DOI: 10.2741/3076 Spindle assembly checkpoint protein dynamics reveal conserved and unsuspected roles in plant cell division.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0006757
`At1g49910`	在纺锤体组装检查点信号转导及促进正确的动粒-微管（K-MT）连接建立中发挥双重作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038491 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程

GO:0008608 attachment of spindle microtubules to kinetochore 生物过程

GO:0034501 protein localization to kinetochore 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0051983 regulation of chromosome segregation 生物过程

GO:0000776 kinetochore 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005828 kinetochore microtubule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49910

ath:AT3G19590

bta:539594

hsa:9184

mmu:12237

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.736

排名 1 · LXL04_038491 · OH-1004

细胞质0.333

排名 2 · LXL04_038491 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 3 · LXL04_038491 · OH-1004

溶酶体／液泡0.034

排名 4 · LXL04_038491 · OH-1004

线粒体0.029

排名 5 · LXL04_038491 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz16-128 aa

PF00400.39WD4017-45 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st17-126 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR518-227 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st19-126 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st19-171 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC374-303 aa

PF24814.2WD40_Prp1990-212 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038491	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	16	128	9.8e-13	48.8
LXL04_038491	`PF00400.39`	WD40	17	45	7e-26	90.3
LXL04_038491	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	17	126	1.2e-17	64.7
LXL04_038491	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	18	227	3.3e-22	79.8
LXL04_038491	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	19	126	1.1e-24	88.0
LXL04_038491	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	19	171	1.2e-18	68.2
LXL04_038491	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	74	303	7.5e-28	98.0
LXL04_038491	`PF24814.2`	WD40_Prp19	90	212	7.3e-18	65.3
LXL04_038491	`PF00400.39`	WD40	93	126	7e-26	90.3
LXL04_038491	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	110	221	1.2e-17	64.9
LXL04_038491	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	145	285	1.2e-17	64.7
LXL04_038491	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	153	294	9.8e-13	48.8
LXL04_038491	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	156	302	1.2e-18	68.2
LXL04_038491	`PF24814.2`	WD40_Prp19	242	303	7.3e-18	65.3
LXL04_038491	`PF00400.39`	WD40	243	269	7e-26	90.3
LXL04_038491	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	243	306	1.1e-24	88.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJN8`	拟南芥	Mitotic checkpoint protein BUB3.1	80.882%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C701`	拟南芥	Mitotic checkpoint protein BUB3.2	81.682%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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