基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_038411
当前版本: OH-1004
染色体: Chr09
坐标: 40142971-40144314
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1260 bp · LXL04_038411|LXL04_038411|OH1004|cDNA
ATGCCTGGAAGCTTAGAGCCTTTGGATGTAGGTGTTCAGATCCCGTATCATTTCAGGTGTCCGATTTCTCTTGAGCTTATGAGAGACCCGGTTATCGTCGGCACCGGTCAGACGTATGACCGGCCAAGCATCGAGTCATGGGTGGCCACCGGAAACACCACCTGCCCTGTTACTCGTCTTCCTCTTACGGACTTCACCCTCATCCCGAACCACACCCTACGCCGCCTCATACAGGAATGGTGTGTTGCTAATAGGTCGTA...
CDS
下载 CDS FASTA1260 bp · LXL04_038411|LXL04_038411|OH1004|CDS
ATGCCTGGAAGCTTAGAGCCTTTGGATGTAGGTGTTCAGATCCCGTATCATTTCAGGTGTCCGATTTCTCTTGAGCTTATGAGAGACCCGGTTATCGTCGGCACCGGTCAGACGTATGACCGGCCAAGCATCGAGTCATGGGTGGCCACCGGAAACACCACCTGCCCTGTTACTCGTCTTCCTCTTACGGACTTCACCCTCATCCCGAACCACACCCTACGCCGCCTCATACAGGAATGGTGTGTTGCTAATAGGTCGTA...
419 aa · LXL04_038411|LXL04_038411|OH1004|PROTEIN
MPGSLEPLDVGVQIPYHFRCPISLELMRDPVIVGTGQTYDRPSIESWVATGNTTCPVTRLPLTDFTLIPNHTLRRLIQEWCVANRSYGVERIPTPKQPADPVMVRSLLSQAASESISSHARLSALRRLRGLARDSDKNRSVISTHNAREVLLGVLFSETNSNSSELNLESLAILSSFPLSESECLLVSSDPNRISYLISLLSHPSIDVRVNAASLLENVVAGTRSPENRAEISNHDEVFDRIVGILNYPLSYPRAMKVGI...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_038411 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA04G425810 |
| OH-1004 ID | LXL04_038411 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / Probable |
| 蛋白一致性 (%) | 91.000 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 93.315 / OH-1004 87.351覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_038411 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr09:40142971-40144314 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to PUB26: U-box domain-containing protein 26 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0002679 respiratory burst involved in defense response 生物过程 GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:0098542 defense response to other organism 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能 GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G49780 ath:AT2G35930 ath:AT3G19380 ath:AT3G52450 ath:AT5G37490 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.571
细胞质0.467
细胞膜0.080
内质网0.040
溶酶体／液泡0.033
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF04564.22U-box14-85 aaPF25598.2ARM_PUB104-407 aaPF24768.2ARM_ARMC5230-391 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_038411 | PF04564.22 | U-box | 14 | 85 | 1.5e-21 | 77.1 |
| LXL04_038411 | PF25598.2 | ARM_PUB | 104 | 407 | 2.1e-80 | 271.1 |
| LXL04_038411 | PF24768.2 | ARM_ARMC5 | 230 | 391 | 1.1e-09 | 38.8 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9FXA4 | 拟南芥 | U-box domain-containing protein 26 | 66.429% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9LT79 | 拟南芥 | U-box domain-containing protein 25 | 66.588% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q84TG3 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase PUB23 | 34.963% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9SVC6 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase PUB22 | 31.724% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q5PNY6 | 拟南芥 | U-box domain-containing protein 21 | 32.995% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |