LXL04_038406 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038406

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 39823627-39827792 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1998 bp · LXL04_038406|LXL04_038406|OH1004|cDNA

ATGGTGAAACACAGATGGATGTTACTCGTATTGTCTCTGCTATTGCTTGTAATAATGGAGTTTTCTCCTGCAATGGCAGCTACAGGTTGCCCCTTGGACGTAACTGGTTCAAATCTCACGCAAGCTGCAATCCTTTGTTCCAACACAGAATCTAGAGCAAGTTGTTGTCGTTACATAAACGCTCTTGTTGCAGTTTCCATTGTTCATTATGCAAACGAAACCAACACTCTTGGAGTCCCTCCAGAATTATCCAAAATTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1998 bp · LXL04_038406|LXL04_038406|OH1004|CDS

ATGGTGAAACACAGATGGATGTTACTCGTATTGTCTCTGCTATTGCTTGTAATAATGGAGTTTTCTCCTGCAATGGCAGCTACAGGTTGCCCCTTGGACGTAACTGGTTCAAATCTCACGCAAGCTGCAATCCTTTGTTCCAACACAGAATCTAGAGCAAGTTGTTGTCGTTACATAAACGCTCTTGTTGCAGTTTCCATTGTTCATTATGCAAACGAAACCAACACTCTTGGAGTCCCTCCAGAATTATCCAAAATTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

665 aa · LXL04_038406|LXL04_038406|OH1004|PROTEIN

MVKHRWMLLVLSLLLLVIMEFSPAMAATGCPLDVTGSNLTQAAILCSNTESRASCCRYINALVAVSIVHYANETNTLGVPPELSKICLKTITDTLELHGMTRNATLLCGLGTKIPVNYECLGRTMVNQMLESPKFSNVTLNCKVPFGENGCKKCLNSGILFIRNLIGTVNSNTTLSTCRDATFVSLATQVDDVSAFEIADCFFGVHGLTDTPFLGSFPPTLSPESSPTPSSQLSLTAPNLPKRHSYHLTLIPGIGIGVIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038406`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038406

位置 Chr09:39823627-39827792 (-)

描述 Similar to At1g49730: Probable receptor-like protein kinase At1g49730

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49730`	可能的受体样蛋白激酶At1g49730。	暂无已核实直接文献
`At5g54590`	通过激活 MAP 激酶活性来耐受寒冷。	Phosphorylation of Arabidopsis thaliana MEKK1 via Ca(2+) signaling as a part of the cold stress response.2013 · DOI: 10.1007/s10265-013-0576-0
`At5g38560`	可能参与根生长的负调控。	PERK-KIPK-KCBP signalling negatively regulates root growth in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1093/jxb/eru390
`At3g07070`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At3g24540`	富脯氨酸受体样蛋白激酶 PERK3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038406 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49730

ath:AT3G07070

ath:AT5G38560

ath:AT5G54590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.852

排名 1 · LXL04_038406 · OH-1004

内质网0.089

排名 2 · LXL04_038406 · OH-1004

细胞质0.081

排名 3 · LXL04_038406 · OH-1004

细胞核0.055

排名 4 · LXL04_038406 · OH-1004

溶酶体／液泡0.032

排名 5 · LXL04_038406 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19160.6SPARK27-178 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr321-585 aa

PF00069.32Pkinase322-584 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038406	`PF19160.6`	SPARK	27	178	1.1e-18	68.8
LXL04_038406	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	321	585	4.1e-44	151.5
LXL04_038406	`PF00069.32`	Pkinase	322	584	5.3e-47	161.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FX99`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At1g49730	54.628%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FIU5`	拟南芥	Calcium/calmodulin-regulated receptor-like kinase 1	43.750%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FFW5`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK8	42.561%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SFT7`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL26	45.017%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q1PEM5`	拟南芥	Proline-rich receptor-like protein kinase PERK3	38.542%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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