LXL04_038386 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038386

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 39428587-39432765 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1905 bp · LXL04_038386|LXL04_038386|OH1004|cDNA

ATGGAGCTAAAGCCAGGCCTCTCCGCTTTGGTCACCGGAGGTGCCTCCGGGATCGGTAGAGCTCTTTGCATAGCTCTTGCCCAAAAGGGTATATTCGTCACAGTTGTTGATTTTTCAACTGAAAGGGGCGAAGAGGTCGCATTACTTTCACAGAAAGAAAATCTCAAATTCCATCCCCAATTAAAATCCCCATCTTCTATCTTCGTAAAATGCGATGTCAGTAACAAAGAAGAAGTCGCAAATGCATTTGAAAAACACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · LXL04_038386|LXL04_038386|OH1004|CDS

ATGGAGCTAAAGCCAGGCCTCTCCGCTTTGGTCACCGGAGGTGCCTCCGGGATCGGTAGAGCTCTTTGCATAGCTCTTGCCCAAAAGGGTATATTCGTCACAGTTGTTGATTTTTCAACTGAAAGGGGCGAAGAGGTCGCATTACTTTCACAGAAAGAAAATCTCAAATTCCATCCCCAATTAAAATCCCCATCTTCTATCTTCGTAAAATGCGATGTCAGTAACAAAGAAGAAGTCGCAAATGCATTTGAAAAACACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · LXL04_038386|LXL04_038386|OH1004|PROTEIN

MELKPGLSALVTGGASGIGRALCIALAQKGIFVTVVDFSTERGEEVALLSQKENLKFHPQLKSPSSIFVKCDVSNKEEVANAFEKHLDAFGGLDICINCAGIATSVPFYKDESDGSKSWRHAINVNLVAVIGCTHRAIKIMEAAKKPGVIINLGSASGLYPMITDPIYSASKGGVVMFTRSLMTYKKKGIRVNVLCPEFILTEMAEKVGSQFIERMGGYVSMDTLIQGAFELISDETKAGACLWITKRRGMEYWPTPTEQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038386`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_038386`
位置	Chr09:39428587-39432765 (-)
描述	Similar to Zadh2: Prostaglandin reductase-3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038386` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程 GO:0007567 parturition 生物过程 GO:0030728 ovulation 生物过程 GO:0032355 response to estradiol 生物过程 GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程 GO:0045471 response to ethanol 生物过程 GO:0045786 negative regulation of cell cycle 生物过程 GO:0070493 thrombin-activated receptor signaling pathway 生物过程 GO:1904707 positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation 生物过程 GO:1905344 prostaglandin catabolic process 生物过程 GO:1905828 regulation of prostaglandin catabolic process 生物过程 GO:2001301 lipoxin biosynthetic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:532505 hsa:284273 mmu:15446 mmu:225791 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.453

排名 1 · LXL04_038386 · OH-1004

过氧化物酶体0.363

排名 2 · LXL04_038386 · OH-1004

细胞质0.157

排名 3 · LXL04_038386 · OH-1004

质体0.070

排名 4 · LXL04_038386 · OH-1004

细胞核0.056

排名 5 · LXL04_038386 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short9-210 aa

PF08659.17KR9-113 aa

PF01370.28Epimerase9-132 aa

PF13561.13adh_short_C215-211 aa

PF08240.18ADH_N317-403 aa

PF00107.33ADH_zinc_N444-578 aa

PF13602.13ADH_zinc_N_2476-621 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038386	`PF00106.32`	adh_short	9	210	4.6e-47	160.7
LXL04_038386	`PF08659.17`	KR	9	113	1.7e-07	32.1
LXL04_038386	`PF01370.28`	Epimerase	9	132	4.7e-07	30.2
LXL04_038386	`PF13561.13`	adh_short_C2	15	211	4.4e-33	115.5
LXL04_038386	`PF08240.18`	ADH_N	317	403	2.4e-10	41.3
LXL04_038386	`PF00107.33`	ADH_zinc_N	444	578	2.2e-27	96.3
LXL04_038386	`PF13602.13`	ADH_zinc_N_2	476	621	2.8e-20	74.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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