LXL04_038270 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038270

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 36169894-36173336 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1530 bp · LXL04_038270|LXL04_038270|OH1004|cDNA

ATGATTAATCACCGGCAAACGAACTCATCGGTTTTGGCGTTTCAAAAGCAAAAAAAAAGCGTCACCTTCACACAAAAACACCAGATCCGTTACAGGAGGAGGCTCGTCCCGATGGAAGAGAAGTTGATACAGAGGTTGGAGTCCGCCGTAACGCGGCTGGAATCGCTCTCCCACGGCTCTAATAAGCCCCGTGGCGTCACACCTGACGCCGCATCAGCGGCATCGGAACCGTCAATCGTCGCATTTGACGATCTGCTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1530 bp · LXL04_038270|LXL04_038270|OH1004|CDS

ATGATTAATCACCGGCAAACGAACTCATCGGTTTTGGCGTTTCAAAAGCAAAAAAAAAGCGTCACCTTCACACAAAAACACCAGATCCGTTACAGGAGGAGGCTCGTCCCGATGGAAGAGAAGTTGATACAGAGGTTGGAGTCCGCCGTAACGCGGCTGGAATCGCTCTCCCACGGCTCTAATAAGCCCCGTGGCGTCACACCTGACGCCGCATCAGCGGCATCGGAACCGTCAATCGTCGCATTTGACGATCTGCTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

509 aa · LXL04_038270|LXL04_038270|OH1004|PROTEIN

MINHRQTNSSVLAFQKQKKSVTFTQKHQIRYRRRLVPMEEKLIQRLESAVTRLESLSHGSNKPRGVTPDAASAASEPSIVAFDDLLVEFVVKVSASAQKIGGQVHDITNVLCQAFATQKELLIKIKQTQKPDAGGLAEFLKPLYDRLAEASTMSEGKRSDYFNHLKATSESLNALIWIAYAGKGCGMSMPIGHVEECWQSAEFYNNKVLVEYKNKDQDHVEWAKALKELYVPGLRDYVKSHYALGPAWCETGGTVSGPLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038270`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038270

位置 Chr09:36169894-36173336 (+)

描述 Similar to CAP1: Cyclase-associated protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34490`	肌动蛋白单体结合蛋白，可加速 ADP 与 ATP 的交换。	Arabidopsis CAP regulates the actin cytoskeleton necessary for plant cell elongation and division.2002 · DOI: 10.1105/tpc.010301 Identification of Arabidopsis cyclase-associated protein 1 as the first nucleotide exchange factor for plant actin.2007 · DOI: 10.1091/mbc.e06-11-1041 Arabidopsis CAP1 - a key regulator of actin organisation and development.2007 · DOI: 10.1242/jcs.007302

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038270 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程

GO:0007010 cytoskeleton organization 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0007163 establishment or maintenance of cell polarity 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007190 activation of adenylate cyclase activity 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0099140 presynaptic actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34490

bta:504519

hsa:10487

rno:116653

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.751

排名 1 · LXL04_038270 · OH-1004

细胞核0.223

排名 2 · LXL04_038270 · OH-1004

细胞膜0.118

排名 3 · LXL04_038270 · OH-1004

高尔基体0.118

排名 4 · LXL04_038270 · OH-1004

内质网0.072

排名 5 · LXL04_038270 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01213.25CAP_N-CM40-75 aa

PF21938.2CAP_N82-245 aa

PF08603.17CAP_C349-506 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038270	`PF01213.25`	CAP_N-CM	40	75	2.9e-06	28.2
LXL04_038270	`PF21938.2`	CAP_N	82	245	9.9e-34	117.4
LXL04_038270	`PF08603.17`	CAP_C	349	506	7.6e-58	195.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65902`	拟南芥	Cyclase-associated protein 1	62.994%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情