LXL04_038133 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038133

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 31943257-31945316 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1783 bp · LXL04_038133|LXL04_038133|OH1004|cDNA

TTTAAACAGATCGATATCAAAACCAATCGAAGAATCAATCTGAAATTCAAGTTGTTAGAGATCTGTAAAGCTTCAATCGAATCAAAAGAAGATGGATTTTGAGTTGAGAAGAGCGAGAGAGAAATTGGAGAAAGAGCAAAAGGATAGGAAAGAGAAGGCCAGGGTTAGATTGGATAGAGAGAGGAAAGCCAAACAAGAAGCTCTTCGTCAACGTGAGGCGATCGAAGCTTCTCAACGAGCTCGTAGAATCGATGCCATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1692 bp · LXL04_038133|LXL04_038133|OH1004|CDS

ATGGATTTTGAGTTGAGAAGAGCGAGAGAGAAATTGGAGAAAGAGCAAAAGGATAGGAAAGAGAAGGCCAGGGTTAGATTGGATAGAGAGAGGAAAGCCAAACAAGAAGCTCTTCGTCAACGTGAGGCGATCGAAGCTTCTCAACGAGCTCGTAGAATCGATGCCATGGAAGCCCAACTTAAGGCAGATCAACAGATGGAAGAAAACATACTAATCGGAAGAGGAATTTCCTTCATTCGAGTTCTCGAAGCCGTACCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

563 aa · LXL04_038133|LXL04_038133|OH1004|PROTEIN

MDFELRRAREKLEKEQKDRKEKARVRLDRERKAKQEALRQREAIEASQRARRIDAMEAQLKADQQMEENILIGRGISFIRVLEAVPFEGPGDKIKLPPSCFNDLSSEGAFDKGPLHFQLSLHHQTTSPPSEPTTTHAGVLEFTADEGTVAIPPHIWNNLYSKNPQLTPLIQVKYVWLPKGTYAKLQSQQLGFSDIPNHKAVLETTLRQHATLSQSDILTVKHGTLTYHLQVLSLKPSPSVSVLETDIEVDIVGPDTLPEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038133`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038133

位置 Chr09:31943257-31945316 (+)

描述 Similar to ufd1: Ubiquitin fusion degradation protein 1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g38930`	泛素依赖蛋白水解途径的重要组成部分，可降解泛素融合蛋白（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At2g21270`	泛素依赖蛋白水解途径的重要组成部分，可降解泛素融合蛋白（通过相似性推测）。	The CDC48 complex mediates ubiquitin-dependent degradation of intra-chloroplast proteins in plants.2022 · DOI: 10.1016/j.celrep.2022.110664

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038133 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程

GO:0032480 negative regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0039536 negative regulation of RIG-I signaling pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0071218 cellular response to misfolded protein 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:1902882 regulation of response to oxidative stress 生物过程

GO:1990116 ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21270

ath:AT4G38930

ddi:DDB_G0271122

hsa:7353

rno:84478

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.698

排名 1 · LXL04_038133 · OH-1004

细胞核0.426

排名 2 · LXL04_038133 · OH-1004

线粒体0.076

排名 3 · LXL04_038133 · OH-1004

过氧化物酶体0.055

排名 4 · LXL04_038133 · OH-1004

内质网0.046

排名 5 · LXL04_038133 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03152.22UFD1_N190-178 aa

PF24842.2UFD1_N2179-254 aa

PF23580.2Znf_XAF1_N402-428 aa

PF21366.4TRAFD1-XIAF1_ZnF526-556 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038133	`PF03152.22`	UFD1_N1	90	178	9.3e-19	67.5
LXL04_038133	`PF24842.2`	UFD1_N2	179	254	1.8e-26	92.7
LXL04_038133	`PF23580.2`	Znf_XAF1_N	402	428	3e-12	46.4
LXL04_038133	`PF21366.4`	TRAFD1-XIAF1_ZnF	526	556	1.9e-09	37.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W570`	拟南芥	Ubiquitin fusion degradation protein 1 C	39.024%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJV0`	拟南芥	Ubiquitin fusion degradation protein 1 B	37.805%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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