LXL04_038121 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038121

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 31722578-31722877 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

300 bp · LXL04_038121|LXL04_038121|OH1004|cDNA

ATGTCGGAAATGGGCGAAATAAAGGTTCTTGGCGGCACTGCAAGTCCATTTGTGAACAGGGTTCAGTTTGTTCTTAATCTTAAATCTATCAAATACGAGTTCATGGAGGAAGATTTCGATAACAAAAGCGAGCTCCTGTTGACATCGAACCCAGTTTTTAAAAGAGTCCCTGTTCTTATACATTCAAACAAACCGCCGGTGGACAGATCGGAGCAATTGAATCAGGAAGATGGATTCATTCCTACATTTAAAACCATAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

300 bp · LXL04_038121|LXL04_038121|OH1004|CDS

ATGTCGGAAATGGGCGAAATAAAGGTTCTTGGCGGCACTGCAAGTCCATTTGTGAACAGGGTTCAGTTTGTTCTTAATCTTAAATCTATCAAATACGAGTTCATGGAGGAAGATTTCGATAACAAAAGCGAGCTCCTGTTGACATCGAACCCAGTTTTTAAAAGAGTCCCTGTTCTTATACATTCAAACAAACCGCCGGTGGACAGATCGGAGCAATTGAATCAGGAAGATGGATTCATTCCTACATTTAAAACCATAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

99 aa · LXL04_038121|LXL04_038121|OH1004|PROTEIN

MSEMGEIKVLGGTASPFVNRVQFVLNLKSIKYEFMEEDFDNKSELLLTSNPVFKRVPVLIHSNKPPVDRSEQLNQEDGFIPTFKTIKFKSTSRIRLKRQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038121`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038121

位置 Chr09:31722578-31722877 (+)

描述 Similar to Probable glutathione S-transferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10370`	参与光信号传导，主要是 phyA 介导的光形态建成，以及整合各种植物激素信号，通过影响谷胱甘肽库来调节植物发育的各个方面。	A glutathione S-transferase regulated by light and hormones participates in the modulation of Arabidopsis seedling development.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.159152

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0530900`	将还原型谷胱甘肽与大量外源和内源疏水性亲电物质结合。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038121 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006749 glutathione metabolic process 生物过程

GO:0009407 toxin catabolic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009704 de-etiolation 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0060416 response to growth hormone 生物过程

GO:0080148 negative regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004364 glutathione transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10370

dosa:Os10g0530900

nta:107765700

nta:107800866

nta:107802704

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.536

排名 1 · LXL04_038121 · OH-1004

细胞核0.249

排名 2 · LXL04_038121 · OH-1004

线粒体0.182

排名 3 · LXL04_038121 · OH-1004

过氧化物酶体0.091

排名 4 · LXL04_038121 · OH-1004

细胞外0.050

排名 5 · LXL04_038121 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02798.27GST_N7-64 aa

PF13417.13GST_N_314-63 aa

PF13409.13GST_N_214-68 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038121	`PF02798.27`	GST_N	7	64	5.4e-09	37.0
LXL04_038121	`PF13417.13`	GST_N_3	14	63	2.6e-06	28.4
LXL04_038121	`PF13409.13`	GST_N_2	14	68	3e-06	28.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FUS8`	拟南芥	Glutathione S-transferase U17	58.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q06398`	水稻	Probable glutathione S-transferase GSTU6	52.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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