LXL04_038006 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038006

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 28007840-28008767 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

660 bp · LXL04_038006|LXL04_038006|OH1004|cDNA

ATGTTTCACATCAATACAGTTCCCCAGAATTTGTCGCTGACTCCCACTCTTAACCACAGTGATCACGATCTAATGGCGCAGCCTCCTCGTTCTTCAGGTGAGATTCATGTCATCGTTGGGCCTATGTTCGCCGGTAAAACCACCGCTCTTCTTCGCCGGATCAAAACCGAAGGCACAAACGGCAGGAATATAGCGATGATAAAATCAAGCAAGGATACACGATACGCAGTTAATTCAGTTGTAACACACGATGGGACGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

660 bp · LXL04_038006|LXL04_038006|OH1004|CDS

ATGTTTCACATCAATACAGTTCCCCAGAATTTGTCGCTGACTCCCACTCTTAACCACAGTGATCACGATCTAATGGCGCAGCCTCCTCGTTCTTCAGGTGAGATTCATGTCATCGTTGGGCCTATGTTCGCCGGTAAAACCACCGCTCTTCTTCGCCGGATCAAAACCGAAGGCACAAACGGCAGGAATATAGCGATGATAAAATCAAGCAAGGATACACGATACGCAGTTAATTCAGTTGTAACACACGATGGGACGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

219 aa · LXL04_038006|LXL04_038006|OH1004|PROTEIN

MFHINTVPQNLSLTPTLNHSDHDLMAQPPRSSGEIHVIVGPMFAGKTTALLRRIKTEGTNGRNIAMIKSSKDTRYAVNSVVTHDGTKYPCCALPDLLSFKQKFGEEAYEKLDVIGIDEAQFFDDLYEFCSKAADDDGKTIIVAGLDGDYLRRNFGPVLDIVPLADTITKLTARCEVCGKKAHFTFRKTKETKTELIGGADMYMPVCRQHYVNGQVVIKH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038006`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038006

位置 Chr09:28007840-28008767 (-)

描述 Similar to TK1A: Thymidine kinase a

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07800`	嘌呤和嘧啶脱氧核糖核苷酸合成的补救途径的一部分。	Two thymidine kinases and one multisubstrate deoxyribonucleoside kinase salvage DNA precursors in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2012.08747.x Arabidopsis thaliana thymidine kinase 1a is ubiquitously expressed during development and contributes to confer tolerance to genotoxic stress.2015 · DOI: 10.1007/s11103-014-0277-7
`At5g23070`	嘌呤和嘧啶脱氧核糖核苷酸合成的补救途径的一部分。	Two thymidine kinases and one multisubstrate deoxyribonucleoside kinase salvage DNA precursors in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2012.08747.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0113100`	胸苷激酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038006 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0046104 thymidine metabolic process 生物过程

GO:0046105 thymidine biosynthetic process 生物过程

GO:0051289 protein homotetramerization 生物过程

GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0090351 seedling development 生物过程

GO:1904860 DNA synthesis involved in mitotic DNA replication 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07800

ath:AT5G23070

gga:395719

mmu:21877

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.604

排名 1 · LXL04_038006 · OH-1004

细胞核0.540

排名 2 · LXL04_038006 · OH-1004

线粒体0.083

排名 3 · LXL04_038006 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 4 · LXL04_038006 · OH-1004

内质网0.025

排名 5 · LXL04_038006 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00265.25TK33-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038006	`PF00265.25`	TK	33	210	1.5e-55	188.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S750`	拟南芥	Thymidine kinase a	73.016%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4KBF5`	拟南芥	Thymidine kinase b	70.588%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81263`	水稻	Thymidine kinase	72.308%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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