LXL04_038001 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038001

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 27963940-27965406 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1398 bp · LXL04_038001|LXL04_038001|OH1004|cDNA

ATGCGAGCATCGGAACTCAATAGATCCGCTATGTCCAACGCCTTTTACTGTCAATCGATGCAAGAATTCGATTCCTTTTGTAAGCCCCAAGCTCAGTGTTTAAATGATCTCAGCCGTGGGACCAAATACGTGGCCAAATCGGAACCCTACTGCACCCTCGAATCCTCCTCCGCTAACGGCAGTTGTACCACCATGTATAAATTGCGCCAGTTAGAGACTGTAATGCTTGGAGATTCCGATTTCGACGATGATGCCGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1398 bp · LXL04_038001|LXL04_038001|OH1004|CDS

ATGCGAGCATCGGAACTCAATAGATCCGCTATGTCCAACGCCTTTTACTGTCAATCGATGCAAGAATTCGATTCCTTTTGTAAGCCCCAAGCTCAGTGTTTAAATGATCTCAGCCGTGGGACCAAATACGTGGCCAAATCGGAACCCTACTGCACCCTCGAATCCTCCTCCGCTAACGGCAGTTGTACCACCATGTATAAATTGCGCCAGTTAGAGACTGTAATGCTTGGAGATTCCGATTTCGACGATGATGCCGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

465 aa · LXL04_038001|LXL04_038001|OH1004|PROTEIN

MRASELNRSAMSNAFYCQSMQEFDSFCKPQAQCLNDLSRGTKYVAKSEPYCTLESSSANGSCTTMYKLRQLETVMLGDSDFDDDAGNGKSFAGGVVDLPDIEIWKNMMMGFPRRDLKQVLIACAKSVSNNDFSNARFFISELRQMVSVAGEPIQRLGAYMLEGLVARLSSSGSTIYRSDPPLNTYTLYEICPYFKFGYMSANGAIAEAMKDEKRVHIIDFHIAHGTQWVPLIQAFAKRPGGPPHIRITSFHNSTNQLEPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038001`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038001

位置 Chr09:27963940-27965406 (+)

描述 Similar to PAT1: Scarecrow-like transcription factor PAT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48150`	可能参与光敏色素A（phyA）信号转导的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g04890`	可能参与植物发育的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g50600`	可能参与植物发育的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0583600`	可能在膜相关高亲和力几丁质结合蛋白下游的寡糖引发剂反应的早期阶段发挥调节作用。	Identification and characterization of two new members of the GRAS gene family in rice responsive to N-acetylchitooligosaccharide elicitor.2003 · DOI: 10.1016/s0167-4781(02)00626-7
`Os07g0545800`	可能在膜相关高亲和力几丁质结合蛋白下游的寡糖引发剂反应的早期阶段发挥调节作用。	Identification and characterization of two new members of the GRAS gene family in rice responsive to N-acetylchitooligosaccharide elicitor.2003 · DOI: 10.1016/s0167-4781(02)00626-7

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038001 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50600

ath:AT2G04890

ath:AT5G48150

dosa:Os07g0545800

dosa:Os07g0583600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.693

排名 1 · LXL04_038001 · OH-1004

细胞质0.300

排名 2 · LXL04_038001 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 3 · LXL04_038001 · OH-1004

内质网0.038

排名 4 · LXL04_038001 · OH-1004

质体0.037

排名 5 · LXL04_038001 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03514.21GRAS116-465 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038001	`PF03514.21`	GRAS	116	465	2.9e-127	425.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDL7`	拟南芥	Scarecrow-like transcription factor PAT1	61.778%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S7H5`	拟南芥	Scarecrow-like protein 21	64.960%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H125`	拟南芥	Scarecrow-like protein 5	58.621%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GVE1`	水稻	Chitin-inducible gibberellin-responsive protein 2	55.782%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69VG1`	水稻	Chitin-inducible gibberellin-responsive protein 1	54.813%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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