LXL04_037894 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037894

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 24539175-24545912 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3048 bp · LXL04_037894|LXL04_037894|OH1004|cDNA

ATGACGTGGCGCAGAGTGGTCACCTCCACTTTGTGGAGTATACCCCTTAGCCTAAGCGATAACCGCTCTGCTAACTATATCCACTCCAATCCACCCACAAAGAACGGAAATCCCCGCGAATTTTCAGAGAAACGCGATTTTCATAACCTATTGGTCGGAAAAAGGTGGAGGTATGTTTCGATTTGTAAATATTCCGTGACTACTGATTACATCGCTGATCAAGGCACTTCACTATCGCTCAATGCCACCAATAAAAGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3048 bp · LXL04_037894|LXL04_037894|OH1004|CDS

ATGACGTGGCGCAGAGTGGTCACCTCCACTTTGTGGAGTATACCCCTTAGCCTAAGCGATAACCGCTCTGCTAACTATATCCACTCCAATCCACCCACAAAGAACGGAAATCCCCGCGAATTTTCAGAGAAACGCGATTTTCATAACCTATTGGTCGGAAAAAGGTGGAGGTATGTTTCGATTTGTAAATATTCCGTGACTACTGATTACATCGCTGATCAAGGCACTTCACTATCGCTCAATGCCACCAATAAAAGCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1015 aa · LXL04_037894|LXL04_037894|OH1004|PROTEIN

MTWRRVVTSTLWSIPLSLSDNRSANYIHSNPPTKNGNPREFSEKRDFHNLLVGKRWRYVSICKYSVTTDYIADQGTSLSLNATNKSSQDDSSDLLLKPTRPILKPPEPKISQLSSNGSSRDNLNEQERNKMIESLDEVLEKAEKLETSKNSDIPNKKPSPSPSKIPLRTTNNSNPYSNRVNSAIGKSKTLKSVWRKGNPVANIEKVVKEAPKIDKVPEKSTTEEVKSQQPISQPQPPQKFQPQLQAKPFTPPPVKRPVIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037894`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037894

位置 Chr09:24539175-24545912 (-)

描述 Similar to At1g17220: Translation initiation factor IF-2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17220`	蛋白质合成起始所需的关键组成部分之一。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037894 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003743 translation initiation factor activity 分子功能

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ana:alr3832

ath:AT1G17220

ava:Ava_1867

ter:Tery_3976

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.941

排名 1 · LXL04_037894 · OH-1004

线粒体0.053

排名 2 · LXL04_037894 · OH-1004

细胞核0.035

排名 3 · LXL04_037894 · OH-1004

细胞质0.024

排名 4 · LXL04_037894 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 5 · LXL04_037894 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04760.22IF2_N407-455 aa

PF00009.34GTP_EFTU489-650 aa

PF01926.30MMR_HSR1490-598 aa

PF22042.3EF-G_D2666-744 aa

PF11987.14IF-2794-887 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037894	`PF04760.22`	IF2_N	407	455	7.4e-06	26.4
LXL04_037894	`PF00009.34`	GTP_EFTU	489	650	1.1e-31	110.7
LXL04_037894	`PF01926.30`	MMR_HSR1	490	598	2.9e-08	34.5
LXL04_037894	`PF22042.3`	EF-G_D2	666	744	3e-28	98.5
LXL04_037894	`PF11987.14`	IF-2	794	887	1.4e-32	112.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHI1`	拟南芥	Translation initiation factor IF-2, chloroplastic	65.170%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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