LXL04_037820 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037820

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 22040037-22043504 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1836 bp · LXL04_037820|LXL04_037820|OH1004|cDNA

ATGCAGCAAGATCGTCGAAGAAAGAGTCCAAAAGACATCGAGTTCTTCACAGAATACGGCGAATCAAACCGATACAAAATCCTCGAGATTATAGGAAAGGGAAGCTATGGAGTCGTTTGTGCAGCCGTTGACACACAAACCGGTGAAAAAGTTGCAATCAAGAAGATAACCAACATTTTTGAACATTCATCAGACGCTATTCGAATTTTGCGCGAGATTAAATTGCTTAGGCTTCTTCGGCATCCTGATATCGTTGAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1836 bp · LXL04_037820|LXL04_037820|OH1004|CDS

ATGCAGCAAGATCGTCGAAGAAAGAGTCCAAAAGACATCGAGTTCTTCACAGAATACGGCGAATCAAACCGATACAAAATCCTCGAGATTATAGGAAAGGGAAGCTATGGAGTCGTTTGTGCAGCCGTTGACACACAAACCGGTGAAAAAGTTGCAATCAAGAAGATAACCAACATTTTTGAACATTCATCAGACGCTATTCGAATTTTGCGCGAGATTAAATTGCTTAGGCTTCTTCGGCATCCTGATATCGTTGAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

611 aa · LXL04_037820|LXL04_037820|OH1004|PROTEIN

MQQDRRRKSPKDIEFFTEYGESNRYKILEIIGKGSYGVVCAAVDTQTGEKVAIKKITNIFEHSSDAIRILREIKLLRLLRHPDIVEIKRIMLPPSRREFKDIYVVFELMESDLHQVIKANDDLTHEHHRFFLYQMLRALKYMHTANVYHRDLKPKNILANANCKLKICDFGLARAAFTDTPTTIFWTDYVATRWYRAPELCGSFYSKYTPAVDIWGIGCIFAEVLTGKPLFPGKSVVHQLELITDLLGTPSSDTISRVRN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037820`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037820

位置 Chr09:22040037-22043504 (+)

描述 Similar to MPK18: Mitogen-activated protein kinase 18

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53510`	丝裂原激活蛋白激酶，受 PHS1 和 MAPKKK20 特异性调节，并可能通过调节微管动态不稳定性介导调节皮质微管功能的信号传导。	Arabidopsis mitogen-activated protein kinase MPK18 mediates cortical microtubule functions in plant cells.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03895.x The Arabidopsis Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase Kinase 20 (MKKK20) Acts Upstream of MKK3 and MPK18 in Two Separate Signaling Pathways Involved in Root Microtubule Functions.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.01352
`At3g14720`	丝裂原活化蛋白激酶19。	暂无已核实直接文献
`At2g42880`	丝裂原活化蛋白激酶 20。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0629900`	丝裂原活化蛋白激酶10。	暂无已核实直接文献
`Os01g0665200`	丝裂原活化蛋白激酶8。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037820 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004707 MAP kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53510

ath:AT2G42880

ath:AT3G14720

dosa:Os01g0629900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.679

排名 1 · LXL04_037820 · OH-1004

细胞核0.292

排名 2 · LXL04_037820 · OH-1004

细胞膜0.143

排名 3 · LXL04_037820 · OH-1004

溶酶体／液泡0.048

排名 4 · LXL04_037820 · OH-1004

高尔基体0.045

排名 5 · LXL04_037820 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase25-316 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr27-243 aa

PF06293.21Kdo58-168 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037820	`PF00069.32`	Pkinase	25	316	4e-66	223.8
LXL04_037820	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	27	243	3.9e-31	109.0
LXL04_037820	`PF06293.21`	Kdo	58	168	1.3e-06	28.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5C0`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 18	63.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUC3`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 19	65.124%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SJG9`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase 20	71.236%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5ZCI1`	水稻	Mitogen-activated protein kinase 10	71.591%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5SN53`	水稻	Mitogen-activated protein kinase 8	78.860%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情