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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_037717
当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 19366532-19368195 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1269 bp · LXL04_037717|LXL04_037717|OH1004|cDNA

ATGGCTACTCGCGTTCTCTTTCGAACACTTCTCTCTTCAGCTAACCAAACCCTAATCCATCGCTCCTTCACCACCTCTGCTTATCTTCAACGTCTCCGCCCTATTGTCGCCCTCGCCGCCGGTAGTATCCGTCAGTCGTCCCTTGCGGCTACCAATGCTCGTGATTTCTCAACTCGTCAGACCACATCTTCTCTGAATGATTCCAACCCTAATTGGTCAAATCGTCCCCCGAAGGAGACGATTCTTCTCGATGGTTGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1269 bp · LXL04_037717|LXL04_037717|OH1004|CDS

ATGGCTACTCGCGTTCTCTTTCGAACACTTCTCTCTTCAGCTAACCAAACCCTAATCCATCGCTCCTTCACCACCTCTGCTTATCTTCAACGTCTCCGCCCTATTGTCGCCCTCGCCGCCGGTAGTATCCGTCAGTCGTCCCTTGCGGCTACCAATGCTCGTGATTTCTCAACTCGTCAGACCACATCTTCTCTGAATGATTCCAACCCTAATTGGTCAAATCGTCCCCCGAAGGAGACGATTCTTCTCGATGGTTGCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

422 aa · LXL04_037717|LXL04_037717|OH1004|PROTEIN

MATRVLFRTLLSSANQTLIHRSFTTSAYLQRLRPIVALAAGSIRQSSLAATNARDFSTRQTTSSLNDSNPNWSNRPPKETILLDGCDFEHWLVVVEKPEGDPTRDEIIDSYINTLAQVVGSYDEARMKIYSVSTRCYYAFGALVSEEVSYKIKGTHIKFKSHSLLLSTLTHQSFTSELPGVRWVLPDSYLDVKNKDYGGEPFIDGKAVPYDPKYHEEWIRNNARANERNRRNDRPRNFDRSRNFERRRENMQENNRGPST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_037717
TK1151 IDTkA04G343140
OH-1004 IDLXL04_037717
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)74.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.174 / OH-1004 28.436
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_037717
位置Chr09:19366532-19368195 (-)
描述Similar to MORF8: Multiple organellar RNA editing factor 8, chloroplastic/mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g15000 参与细胞器RNA编辑。 暂无已核实直接文献
At3g06790 参与细胞器RNA编辑。 暂无已核实直接文献
At2g35240 参与细胞器RNA编辑。 暂无已核实直接文献
At1g72530 参与细胞器RNA编辑。
Comprehensive high-resolution analysis of the role of an Arabidopsis gene family in RNA editing.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003584
At1g32580 参与细胞器RNA编辑。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037717 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900864 mitochondrial RNA modification 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32580
ath:AT1G72530
ath:AT2G35240
ath:AT3G06790
ath:AT3G15000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.881
排名 1 · LXL04_037717 · OH-1004
细胞核0.089
排名 2 · LXL04_037717 · OH-1004
细胞质0.075
排名 3 · LXL04_037717 · OH-1004
质体0.056
排名 4 · LXL04_037717 · OH-1004
细胞膜0.019
排名 5 · LXL04_037717 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21864.2MORF_dom88-154 aa
PF21864.2MORF_dom176-202 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_037717PF21864.2MORF_dom881541.6e-33115.1
LXL04_037717PF21864.2MORF_dom1762021.6e-33115.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LKA5拟南芥Multiple organellar RNA editing factor 8, chloroplastic/mitochondrial53.348%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q84JZ6拟南芥Multiple organellar RNA editing factor 3, mitochondrial52.830%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O82169拟南芥Multiple organellar RNA editing factor 6, mitochondrial38.023%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9CAH0拟南芥Multiple organellar RNA editing factor 7, mitochondrial41.071%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9C7Y2拟南芥Multiple organellar RNA editing factor 5, chloroplastic/mitochondrial40.107%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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