LXL04_037631 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037631

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 16717177-16722147 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2175 bp · LXL04_037631|LXL04_037631|OH1004|cDNA

ATGGCGGGGAGGTCAGGATCATCGACGATGATCGTCACAAACACACCGGCTAAAGATCTCGCATATACGAACTGCGCGTATTGCTCTCCTTCCGATCTTCGTCAATTTATTGATCCTGGATCCAATCTCGCTCTCGCTCTCGTTGGTGACGTTGGACAACTTGGGCTTAATGCCATCCAAAGACGTCATGCAAGAGTTTCTACAGGAGATTCAGTATCTGTTACCAGGTTTGTCCCCCCTGAAGATTTCAACATTGCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2175 bp · LXL04_037631|LXL04_037631|OH1004|CDS

ATGGCGGGGAGGTCAGGATCATCGACGATGATCGTCACAAACACACCGGCTAAAGATCTCGCATATACGAACTGCGCGTATTGCTCTCCTTCCGATCTTCGTCAATTTATTGATCCTGGATCCAATCTCGCTCTCGCTCTCGTTGGTGACGTTGGACAACTTGGGCTTAATGCCATCCAAAGACGTCATGCAAGAGTTTCTACAGGAGATTCAGTATCTGTTACCAGGTTTGTCCCCCCTGAAGATTTCAACATTGCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

724 aa · LXL04_037631|LXL04_037631|OH1004|PROTEIN

MAGRSGSSTMIVTNTPAKDLAYTNCAYCSPSDLRQFIDPGSNLALALVGDVGQLGLNAIQRRHARVSTGDSVSVTRFVPPEDFNIALLTLELEFVKKGNKEEQVDAVHLAQHLRKKFINQVMTAGQRVTFEHQGNGYIFTVSQVAVEGQEKAAIERGLLSSDSYIVFEASNSSGIKIVNQREAASSNIFRHKEFNLQSLGIGGLGNEFADIFRRAFASRVFPPHVASKLGVKHVKGMLLYGPPGTGKTLMARQIGKMLNG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037631`
TK1151 ID	TkAUNG027620
OH-1004 ID	LXL04_037631
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	92.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 24.448 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037631

位置 Chr09:16717177-16722147 (-)

描述 Similar to NSF: Vesicle-fusing ATPase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g04910`	需要用于囊泡介导的运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0519400`	需要用于囊泡介导的运输。	The OsSec18 complex interacts with P0(P1-P2)2 to regulate vacuolar morphology in rice endosperm cell.2015 · DOI: 10.1186/s12870-014-0324-1

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037631 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001921 positive regulation of receptor recycling 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0006909 phagocytosis 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0009306 protein secretion 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0017157 regulation of exocytosis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G04910

ddi:DDB_G0276153

dosa:Os05g0519400

hsa:4905

spo:2542410

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.519

排名 1 · LXL04_037631 · OH-1004

细胞核0.336

排名 2 · LXL04_037631 · OH-1004

线粒体0.110

排名 3 · LXL04_037631 · OH-1004

过氧化物酶体0.081

排名 4 · LXL04_037631 · OH-1004

细胞膜0.065

排名 5 · LXL04_037631 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02933.24CDC48_2105-148 aa

PF00004.36AAA237-377 aa

PF07728.21AAA_5237-312 aa

PF17862.8AAA_lid_3404-440 aa

PF00004.36AAA517-629 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037631	`PF02933.24`	CDC48_2	105	148	5.9e-07	29.8
LXL04_037631	`PF00004.36`	AAA	237	377	1.9e-48	165.0
LXL04_037631	`PF07728.21`	AAA_5	237	312	5.6e-08	33.6
LXL04_037631	`PF17862.8`	AAA_lid_3	404	440	2.7e-11	43.5
LXL04_037631	`PF00004.36`	AAA	517	629	1.9e-48	165.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0Y8`	拟南芥	Vesicle-fusing ATPase	79.324%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DGP6`	水稻	Vesicle-fusing ATPase	75.376%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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