LXL04_037531 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037531

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 13230385-13236127 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4167 bp · LXL04_037531|LXL04_037531|OH1004|cDNA

ATGGGCGCCAAAGGGATGGTTTCATTCATAGCAATTGTTGCTTTACTTTTCCCTTTGGCAGCAACAATAGTTTCAGAATTCTACAGAAAAAATGCGCGCCAACAACTCCCACTTGGTAATCCAAGCAATTTGGAGAGGACGATGGATAAGGAAACGTTTACTCATTCAGTCGAAAAGGAATCACCAATTCCAGTTCCTGTTCGACGCAAATTGACCGAAGAAACCCCAAAAGTCAACGGTCAAACTTTGGATATTGAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

4167 bp · LXL04_037531|LXL04_037531|OH1004|CDS

ATGGGCGCCAAAGGGATGGTTTCATTCATAGCAATTGTTGCTTTACTTTTCCCTTTGGCAGCAACAATAGTTTCAGAATTCTACAGAAAAAATGCGCGCCAACAACTCCCACTTGGTAATCCAAGCAATTTGGAGAGGACGATGGATAAGGAAACGTTTACTCATTCAGTCGAAAAGGAATCACCAATTCCAGTTCCTGTTCGACGCAAATTGACCGAAGAAACCCCAAAAGTCAACGGTCAAACTTTGGATATTGAACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1388 aa · LXL04_037531|LXL04_037531|OH1004|PROTEIN

MGAKGMVSFIAIVALLFPLAATIVSEFYRKNARQQLPLGNPSNLERTMDKETFTHSVEKESPIPVPVRRKLTEETPKVNGQTLDIEPIPFAVSKIDTDGITNTTIIITVVSTSVVTFLLATLLFCWYTKAYTGVQNDEKPLPSLSTSTSQKPSYSVQKSNKTFENGGDQLLSSKSEIKKTMSSVNSSVSLGIPLDPPPGNLIASGIAPLKPPPGRPDLALKTPPGMKDLHTPPLTTASPPSLSPAAGTGSAAAPVLSPSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037531`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037531

位置 Chr09:13230385-13236127 (+)

描述 Similar to FH5: Formin-like protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54650`	可能参与肌动蛋白细胞骨架的组织和极性。	暂无已核实直接文献
`UniProt: O23373`	作为肌动蛋白成核因子，指导花粉管中肌动蛋白纤维的形成和极性生长。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0545500`	类formin蛋白 11。	暂无已核实直接文献
`Os04g0100300`	类formin蛋白18。	暂无已核实直接文献
`Os02g0161100`	类formin蛋白10。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037531 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0030041 actin filament polymerization 生物过程

GO:0045010 actin nucleation 生物过程

GO:0048317 seed morphogenesis 生物过程

GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程

GO:0099636 cytoplasmic streaming 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G54650

dosa:Os02g0161100

dosa:Os04g0100300

dosa:Os07g0545500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.780

排名 1 · LXL04_037531 · OH-1004

细胞质0.105

排名 2 · LXL04_037531 · OH-1004

内质网0.093

排名 3 · LXL04_037531 · OH-1004

细胞核0.079

排名 4 · LXL04_037531 · OH-1004

溶酶体／液泡0.035

排名 5 · LXL04_037531 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02181.29FH2341-756 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037531	`PF02181.29`	FH2	341	756	7.2e-96	322.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94B77`	拟南芥	Formin-like protein 5	57.030%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O23373`	拟南芥	Formin-like protein 3	58.991%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0D5P3`	水稻	Formin-like protein 11	51.235%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6MWG9`	水稻	Formin-like protein 18	50.617%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6H7U3`	水稻	Formin-like protein 10	51.598%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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