LXL04_037489 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037489

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 12051753-12060358 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3261 bp · LXL04_037489|LXL04_037489|OH1004|cDNA

ATGGCGACCAAATCTTTGAAATCCAAGAAACCCCCATCAACACCATCACCGCCACCAAACACTTCATCAAGATCTTCATCTCTTTCTTCCCATCTCGCCATGATTGAACTCAAACACAGAATCTTAACTTCCCTCTCCAAGCTCTCCGACCGAGACACCCACCAGATCGCCGTCGAAGACCTTGAAAAAATCATCCAAACCCTGTCCCCCGACGGCATCACAATGCTCCTCAACTCACTCTACGACGCCACCAACAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3261 bp · LXL04_037489|LXL04_037489|OH1004|CDS

ATGGCGACCAAATCTTTGAAATCCAAGAAACCCCCATCAACACCATCACCGCCACCAAACACTTCATCAAGATCTTCATCTCTTTCTTCCCATCTCGCCATGATTGAACTCAAACACAGAATCTTAACTTCCCTCTCCAAGCTCTCCGACCGAGACACCCACCAGATCGCCGTCGAAGACCTTGAAAAAATCATCCAAACCCTGTCCCCCGACGGCATCACAATGCTCCTCAACTCACTCTACGACGCCACCAACAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1086 aa · LXL04_037489|LXL04_037489|OH1004|PROTEIN

MATKSLKSKKPPSTPSPPPNTSSRSSSLSSHLAMIELKHRILTSLSKLSDRDTHQIAVEDLEKIIQTLSPDGITMLLNSLYDATNNDANKPAVKKEAIRLLYFFCATHTESAASHLTKIIAHIVKRLKDSDSGVKDACRESIGQISSLYLRGEGSENIGSVVSLFVKPLFEALNDQNKGVQAGSAMCMAKMVEMASDPPISAFQKLCARICKYLNNPNFLAKAALLQVVSSLSQVGAISPLGLELLLQSIHECLNNNTDW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037489`
TK1151 ID	TkA04G312910
OH-1004 ID	LXL04_037489
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.122 / OH-1004 76.980 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037489

位置 Chr09:12051753-12060358 (+)

描述 Similar to TOR1: Microtubule-associated protein TORTIFOLIA1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27060`	植物特异性微管相关蛋白，调节皮质微管的方向和器官生长的方向。	Arabidopsis SPIRAL2 promotes uninterrupted microtubule growth by suppressing the pause state of microtubule dynamics.2008 · DOI: 10.1242/jcs.030221
`At1g50890`	植物特异性微管相关蛋白，调节皮质微管的方向和器官生长的方向。	Arabidopsis SPIRAL2 promotes uninterrupted microtubule growth by suppressing the pause state of microtubule dynamics.2008 · DOI: 10.1242/jcs.030221
`At2g07170`	TORTIFOLIA1样蛋白 2。	暂无已核实直接文献
`At1g27210`	TORTIFOLIA1 样蛋白 4。	暂无已核实直接文献
`At1g59850`	TORTIFOLIA1样蛋白5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037489 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010031 circumnutation 生物过程

GO:0170002 halotropism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010005 cortical microtubule, transverse to long axis 细胞组分

GO:0055028 cortical microtubule 细胞组分

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27210

ath:AT1G50890

ath:AT2G07170

ath:AT4G27060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.375

排名 1 · LXL04_037489 · OH-1004

细胞质0.373

排名 2 · LXL04_037489 · OH-1004

细胞膜0.233

排名 3 · LXL04_037489 · OH-1004

内质网0.113

排名 4 · LXL04_037489 · OH-1004

高尔基体0.066

排名 5 · LXL04_037489 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24714.2TOR1L1_N36-315 aa

PF23271.2HEAT_GCN140-145 aa

PF24987.2HEAT_EF3_N50-140 aa

PF24713.2TOR1L1_C710-838 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037489	`PF24714.2`	TOR1L1_N	36	315	6e-113	377.6
LXL04_037489	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	40	145	9.8e-09	36.3
LXL04_037489	`PF24987.2`	HEAT_EF3_N	50	140	1.3e-10	42.3
LXL04_037489	`PF24713.2`	TOR1L1_C	710	838	3.1e-58	196.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T041`	拟南芥	Microtubule-associated protein TORTIFOLIA1	50.512%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4I6M4`	拟南芥	TORTIFOLIA1-like protein 1	47.552%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4IK92`	拟南芥	TORTIFOLIA1-like protein 2	41.812%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93ZH1`	拟南芥	TORTIFOLIA1-like protein 4	28.913%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9XIE4`	拟南芥	TORTIFOLIA1-like protein 5	32.476%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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