LXL04_037425 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037425

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 10705511-10716783 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3909 bp · LXL04_037425|LXL04_037425|OH1004|cDNA

ATGGGGCTATGCAGTAGCAAAAGCAAGAGTGGAGGGACATACCCAGATGCTCACAGACCAAGATCCGTCGAACCCAAAATAGTTTACAGCAAATCGCCAGCTCCGGCAGCCCAAATTCCGGCGAGAAAGCAACACCAGCCGCCGCCGCCCAGCCCCAAAAGGATATTCAAAGCCGACCCAAACTCAATTATCGGCAAACCATTTGAAGATGTTAAACAACACTACACAATGGGGAAAGAATTGGGTAGAGGTCAATTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3909 bp · LXL04_037425|LXL04_037425|OH1004|CDS

ATGGGGCTATGCAGTAGCAAAAGCAAGAGTGGAGGGACATACCCAGATGCTCACAGACCAAGATCCGTCGAACCCAAAATAGTTTACAGCAAATCGCCAGCTCCGGCAGCCCAAATTCCGGCGAGAAAGCAACACCAGCCGCCGCCGCCCAGCCCCAAAAGGATATTCAAAGCCGACCCAAACTCAATTATCGGCAAACCATTTGAAGATGTTAAACAACACTACACAATGGGGAAAGAATTGGGTAGAGGTCAATTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1302 aa · LXL04_037425|LXL04_037425|OH1004|PROTEIN

MGLCSSKSKSGGTYPDAHRPRSVEPKIVYSKSPAPAAQIPARKQHQPPPPSPKRIFKADPNSIIGKPFEDVKQHYTMGKELGRGQFGVTYLCIEKSTGHKYACKSISKKKLVTKSDKDDMRKEIQIMQHLSGQANIVEFKGAYEDKQSVHLVMEVCEGGELFDRIIAEGHYSERAAASICRSIVNVVHVCHFMGVMHRDLKPENFLLSDKSEKALLKATDFGLSVFIQEGKAYRQVVGSAYYVAPEVLTRKYGKEIDIWS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037425`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037425

位置 Chr09:10705511-10716783 (-)

描述 Similar to CPK9: Calcium-dependent protein kinase 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20410`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g50700`	Ca²⁺-依赖性蛋白激酶。	THI1, a Thiamine Thiazole Synthase, Interacts with Ca2+-Dependent Protein Kinase CPK33 and Modulates the S-Type Anion Channels and Stomatal Closure in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01649
`At4g04720`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0515100`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037425 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0009931 calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50700

ath:AT3G20410

dosa:Os07g0515100

osa:4343373

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.647

排名 1 · LXL04_037425 · OH-1004

细胞核0.233

排名 2 · LXL04_037425 · OH-1004

细胞膜0.227

排名 3 · LXL04_037425 · OH-1004

高尔基体0.073

排名 4 · LXL04_037425 · OH-1004

溶酶体／液泡0.068

排名 5 · LXL04_037425 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase75-333 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr76-329 aa

PF13499.13EF-hand_7380-441 aa

PF00036.39EF-hand_1381-407 aa

PF13405.13EF-hand_6381-409 aa

PF13202.13EF-hand_5381-403 aa

PF13833.13EF-hand_8393-440 aa

PF13499.13EF-hand_7450-513 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037425	`PF00069.32`	Pkinase	75	333	2.2e-196	650.8
LXL04_037425	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	76	329	2.1e-99	332.7
LXL04_037425	`PF13499.13`	EF-hand_7	380	441	4.2e-64	213.5
LXL04_037425	`PF00036.39`	EF-hand_1	381	407	3.5e-61	199.0
LXL04_037425	`PF13405.13`	EF-hand_6	381	409	3.1e-47	154.5
LXL04_037425	`PF13202.13`	EF-hand_5	381	403	2.5e-39	131.7
LXL04_037425	`PF13833.13`	EF-hand_8	393	440	2.4e-28	98.3
LXL04_037425	`PF13499.13`	EF-hand_7	450	513	4.2e-64	213.5
LXL04_037425	`PF00036.39`	EF-hand_1	453	478	3.5e-61	199.0
LXL04_037425	`PF13405.13`	EF-hand_6	453	481	3.1e-47	154.5
LXL04_037425	`PF13202.13`	EF-hand_5	455	475	2.5e-39	131.7
LXL04_037425	`PF13833.13`	EF-hand_8	466	513	2.4e-28	98.3
LXL04_037425	`PF00036.39`	EF-hand_1	488	514	3.5e-61	199.0
LXL04_037425	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	547	820	2.1e-99	332.7
LXL04_037425	`PF00069.32`	Pkinase	548	818	2.2e-196	650.8
LXL04_037425	`PF00069.32`	Pkinase	858	1116	2.2e-196	650.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38868`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 9	73.929%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C6P3`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 33	74.231%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZSA2`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 21	73.725%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P53683`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 19	72.171%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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