LXL04_037286 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037286

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 5093525-5105354 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1584 bp · LXL04_037286|LXL04_037286|OH1004|cDNA

ATGGCACTTCTTCACTTGCCGGCAATCAAAGTATATTGCTTGACAGAGAAGAAGCATAAAGATGTTCAAAGCAGACCATTGAAGCTTGGAGAATCTAACTCGAGAACCACAACTTACCGAAAAGGTTCATTTCAACAAGAACGCAAACCCCAGAAAGTGAGTCTGGAAATCTCACCTCATAGAGCTGTGTCCGCAGTGAGGTTAATGCGGATAGAATTCGGTGGTGCTTTTGCTGACCTTTTGAACGAGAAAGGAAAGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1584 bp · LXL04_037286|LXL04_037286|OH1004|CDS

ATGGCACTTCTTCACTTGCCGGCAATCAAAGTATATTGCTTGACAGAGAAGAAGCATAAAGATGTTCAAAGCAGACCATTGAAGCTTGGAGAATCTAACTCGAGAACCACAACTTACCGAAAAGGTTCATTTCAACAAGAACGCAAACCCCAGAAAGTGAGTCTGGAAATCTCACCTCATAGAGCTGTGTCCGCAGTGAGGTTAATGCGGATAGAATTCGGTGGTGCTTTTGCTGACCTTTTGAACGAGAAAGGAAAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

527 aa · LXL04_037286|LXL04_037286|OH1004|PROTEIN

MALLHLPAIKVYCLTEKKHKDVQSRPLKLGESNSRTTTYRKGSFQQERKPQKVSLEISPHRAVSAVRLMRIEFGGAFADLLNEKGKGSGDNEMGYVERTLGFCTRDLDDRDLRLVTDIVGGTIRWRKYLDYLILSLCHDPNSFSHMEPLLLQILRIGFYEIVKLEVPSYAVINENVELAKTALRPGAGNMVNGILRKLVALKESNSLPLPQLEGDDRAQARALATIYSHPVWMVRRWIKELGREDAIKLMKWNNSNPSFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037286`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_037286`
位置	Chr09:5093525-5105354 (+)
描述	Similar to rsmB: Probable ribosomal RNA small subunit methyltransferase B (Bacillus subtilis (strain 168)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037286` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001510 RNA methylation 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0070475 rRNA base methylation 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0008649 rRNA methyltransferase activity 分子功能 GO:0009383 rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bsu:BSU15740 syn:slr0679 ypg:YpAngola_A0613 ypo:BZ17_2920 yps:YPTB3667 ypy:YPK_0314 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.498

排名 1 · LXL04_037286 · OH-1004

线粒体0.429

排名 2 · LXL04_037286 · OH-1004

细胞质0.130

排名 3 · LXL04_037286 · OH-1004

细胞核0.063

排名 4 · LXL04_037286 · OH-1004

过氧化物酶体0.043

排名 5 · LXL04_037286 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01029.24NusB96-198 aa

PF22458.2RsmF-B_ferredox229-300 aa

PF01189.24Methyltr_RsmB-F328-522 aa

PF01728.26FtsJ333-469 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037286	`PF01029.24`	NusB	96	198	7.1e-23	82.2
LXL04_037286	`PF22458.2`	RsmF-B_ferredox	229	300	1.3e-10	42.0
LXL04_037286	`PF01189.24`	Methyltr_RsmB-F	328	522	1.5e-51	175.6
LXL04_037286	`PF01728.26`	FtsJ	333	469	2.2e-06	28.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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