LXL04_037255 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037255

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 4300586-4306591 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1317 bp · LXL04_037255|LXL04_037255|OH1004|cDNA

ATGAAATGGAGAAACGTGTTTGGCAACCAAAAACAATTTGAAAACAAAGAAGGAAATGAAGTCGACAGAGGTTCGAGTGGCACAAGAGTCGCGTGTTTTCCGCTTCACAACTCTGATATGAAGATCACTGTAATGACGGCTGATGAACAAATTATTACTTTAGAAGTAGATCGCGACGAATCCGTCGAGAATTTGAAAGCCCTGCTTGAAATTGAGTCTCAAGTACCACTCCAGCAACAGCAGCTGCTGTACAATGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1317 bp · LXL04_037255|LXL04_037255|OH1004|CDS

ATGAAATGGAGAAACGTGTTTGGCAACCAAAAACAATTTGAAAACAAAGAAGGAAATGAAGTCGACAGAGGTTCGAGTGGCACAAGAGTCGCGTGTTTTCCGCTTCACAACTCTGATATGAAGATCACTGTAATGACGGCTGATGAACAAATTATTACTTTAGAAGTAGATCGCGACGAATCCGTCGAGAATTTGAAAGCCCTGCTTGAAATTGAGTCTCAAGTACCACTCCAGCAACAGCAGCTGCTGTACAATGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

438 aa · LXL04_037255|LXL04_037255|OH1004|PROTEIN

MKWRNVFGNQKQFENKEGNEVDRGSSGTRVACFPLHNSDMKITVMTADEQIITLEVDRDESVENLKALLEIESQVPLQQQQLLYNGKEMGNAETLSRLGVTDGDLVMMVSTPSSSSSRGSSNEVSLNPDGSAVDAAAFQQQVRNNSNLMTQLFQSDPELAQAVLSNDLNKLQDLLRMRHRQRSEMRRQQEEEMALLYADPFDVEAQKKIEAAIRQKGIDENWAAALEHNPEAFARVVMLYVDMEVNGVPLKAFVDSGAQS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037255`
TK1151 ID	TkA04G264590
OH-1004 ID	LXL04_037255
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 91.096 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037255

位置 Chr09:4300586-4306591 (+)

描述 Similar to DDI1: Protein DNA-DAMAGE INDUCIBLE 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13235`	泛素化蛋白受体，靶向泛素/蛋白酶体介导的蛋白水解。	The defective proteasome but not substrate recognition function is responsible for the null phenotypes of the Arabidopsis proteasome subunit RPN10.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086702

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037255 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0031593 polyubiquitin modification-dependent protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

act:ACLA_007750

afm:AFUA_7G06050

ath:AT3G13235

nfi:NFIA_027290

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.635

排名 1 · LXL04_037255 · OH-1004

细胞核0.597

排名 2 · LXL04_037255 · OH-1004

内质网0.060

排名 3 · LXL04_037255 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 4 · LXL04_037255 · OH-1004

高尔基体0.050

排名 5 · LXL04_037255 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976.15Rad60-SLD40-107 aa

PF00240.30ubiquitin42-110 aa

PF24669.2Ddi2_HDD134-201 aa

PF09668.17Asp_protease230-338 aa

PF13975.12gag-asp_proteas241-332 aa

PF13650.12Asp_protease_2241-328 aa

PF08284.17RVP_2243-341 aa

PF30863.1PRO_PEG10-RTL1251-344 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037255	`PF11976.15`	Rad60-SLD	40	107	3.7e-09	37.0
LXL04_037255	`PF00240.30`	ubiquitin	42	110	2.2e-16	60.1
LXL04_037255	`PF24669.2`	Ddi2_HDD	134	201	9.9e-09	35.9
LXL04_037255	`PF09668.17`	Asp_protease	230	338	4.1e-47	159.6
LXL04_037255	`PF13975.12`	gag-asp_proteas	241	332	7.7e-19	68.8
LXL04_037255	`PF13650.12`	Asp_protease_2	241	328	8e-12	46.4
LXL04_037255	`PF08284.17`	RVP_2	243	341	9.1e-06	26.2
LXL04_037255	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	251	344	7.4e-06	27.1
LXL04_037255	`PF00627.38`	UBA	402	435	5.9e-08	33.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1EBV4`	拟南芥	Protein DNA-DAMAGE INDUCIBLE 1	73.671%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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