RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_037103
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 53260660-53263626 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2744 bp · LXL04_037103|LXL04_037103|OH1004|cDNA

GGTATAGGTAGTTTGACTTCCAAAATAAAGTCATGTCTCATGTGATGTGGTTGTGTGGGTGGATATTCCAATGTAGCACCACTCCAGCTCAGCTACAAGCCACTGCGTCTCTTCCTTTCTCTTTGCCTTTTGGTCTTTTTATCTACAATCTCTCTCAAACCCTACTCACCCCCCTTATCTTGTTGGTGATGGCGTCTTCCACACCACCAACCTTGACCACCACGAAATCATATCAGAACCACCATATACAAGGCCTACAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2712 bp · LXL04_037103|LXL04_037103|OH1004|CDS

ATGTCTCATGTGATGTGGTTGTGTGGGTGGATATTCCAATGTAGCACCACTCCAGCTCAGCTACAAGCCACTGCGTCTCTTCCTTTCTCTTTGCCTTTTGGTCTTTTTATCTACAATCTCTCTCAAACCCTACTCACCCCCCTTATCTTGTTGGTGATGGCGTCTTCCACACCACCAACCTTGACCACCACGAAATCATATCAGAACCACCATATACAAGGCCTACAGAACCATCACCGCCGTACACACAATGGTCATAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

903 aa · LXL04_037103|LXL04_037103|OH1004|PROTEIN

MSHVMWLCGWIFQCSTTPAQLQATASLPFSLPFGLFIYNLSQTLLTPLILLVMASSTPPTLTTTKSYQNHHIQGLQNHHRRTHNGHNPLHPSPKVSLHPPAPRNPTANKPPIPAPTTVTAGASSSLQHRNSTFAPLSSKSELAADFSGRRSTRFVSKMHFGRPKAGGSSRHSVLAEDALQQLIRCSGDDRLVESVLLNFQSKLCGSDDYNFLLRELGNRNEWSMAIQCFEFAVSRERRRTEQGKLASSMISVLGRLGKID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_037103
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_037103
位置Chr08:53260660-53263626 (-)
描述Similar to At2g31400: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g31400, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g31400 通过逆行的质体到细胞核信号参与核基因表达。
Signals from chloroplasts converge to regulate nuclear gene expression.2007 · PMID: 17395793
Plastid signals that affect photomorphogenesis in Arabidopsis thaliana are dependent on GENOMES UNCOUPLED 1 and cryptochrome 1.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2008.02729.x
The Arabidopsis plastid-signalling mutant gun1 (genomes uncoupled1) shows altered sensitivity to sucrose and abscisic acid and alterations in early seedling development.2010 · DOI: 10.1093/jxb/erq186
Timing the switch to phototrophic growth: a possible role of GUN1.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.4.14900
At1g74850 参与质体基因表达。
pTAC2, -6, and -12 are components of the transcriptionally active plastid chromosome that are required for plastid gene expression.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036392
At5g02860 含五肽重复的蛋白 At5g02860。 暂无已核实直接文献
At5g42310 需要用于叶绿体蛋白合成以及类囊体蛋白复合体亚基的积累。
CRP1 Protein: (dis)similarities between Arabidopsis thaliana and Zea mays.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.00163
At1g12620 含五螺旋肽重复序列的蛋白At1g12620。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037103 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0031930 mitochondria-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0042793 plastid transcription 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G74850
ath:AT2G31400
ath:AT5G02860
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.793
排名 1 · LXL04_037103 · OH-1004
线粒体0.160
排名 2 · LXL04_037103 · OH-1004
细胞核0.069
排名 3 · LXL04_037103 · OH-1004
细胞质0.039
排名 4 · LXL04_037103 · OH-1004
细胞膜0.015
排名 5 · LXL04_037103 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276.3TPR_24250-374 aa
PF17177.11PPR_long256-395 aa
PF13812.13PPR_3265-325 aa
PF13041.13PPR_2277-325 aa
PF12854.14PPR_1278-305 aa
PF01535.27PPR280-309 aa
PF29070.1MSC6_N281-357 aa
PF12854.14PPR_1308-340 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_037103PF23276.3TPR_242503742.9e-31108.8
LXL04_037103PF17177.11PPR_long2563958.4e-37127.3
LXL04_037103PF13812.13PPR_32653251.1e-74247.2
LXL04_037103PF13041.13PPR_22773251.7e-91300.9
LXL04_037103PF12854.14PPR_12783051.2e-78259.2
LXL04_037103PF01535.27PPR2803092.1e-72235.1
LXL04_037103PF29070.1MSC6_N2813571.8e-2693.8
LXL04_037103PF12854.14PPR_13083401.2e-78259.2
LXL04_037103PF13041.13PPR_23293591.7e-91300.9
LXL04_037103PF13812.13PPR_33313601.1e-74247.2
LXL04_037103PF13041.13PPR_23503921.7e-91300.9
LXL04_037103PF01535.27PPR3503802.1e-72235.1
LXL04_037103PF17177.11PPR_long3565178.4e-37127.3
LXL04_037103PF29070.1MSC6_N3664411.8e-2693.8
LXL04_037103PF13812.13PPR_33714291.1e-74247.2
LXL04_037103PF12854.14PPR_13784101.2e-78259.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SIC9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein GUN1, chloroplastic60.495%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9S7Q2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic26.241%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LYZ9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0286027.273%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8L844拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g42310, chloroplastic27.677%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9ASZ8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1262026.550%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看