LXL04_037059 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037059

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 52473470-52477826 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4089 bp · LXL04_037059|LXL04_037059|OH1004|cDNA

ATGGACTCGAAGGAAGATACGTCTCTCTCAGGtttttcttctgtttcttcCGATAACATCGAAACTGTTAACGAAACGAATGGTTTGAAATCAGTTGACAAAGTTGATAATAATAAAGCTAGTAGTCTGAACGTTACTTCCGATGACGAGGGTTTTGCTAGTGGTCAGGAGGAGGCTTTTGAGACAATTTTAGAGGAGAATTCAGAAGCCGTAGTGAATGTAGACGAAGCTGTGGATGACGGTGAGAAGTTTTCAGAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

4089 bp · LXL04_037059|LXL04_037059|OH1004|CDS

ATGGACTCGAAGGAAGATACGTCTCTCTCAGGTTTTTCTTCTGTTTCTTCCGATAACATCGAAACTGTTAACGAAACGAATGGTTTGAAATCAGTTGACAAAGTTGATAATAATAAAGCTAGTAGTCTGAACGTTACTTCCGATGACGAGGGTTTTGCTAGTGGTCAGGAGGAGGCTTTTGAGACAATTTTAGAGGAGAATTCAGAAGCCGTAGTGAATGTAGACGAAGCTGTGGATGACGGTGAGAAGTTTTCAGAGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1362 aa · LXL04_037059|LXL04_037059|OH1004|PROTEIN

MDSKEDTSLSGFSSVSSDNIETVNETNGLKSVDKVDNNKASSLNVTSDDEGFASGQEEAFETILEENSEAVVNVDEAVDDGEKFSEASETPLPKVESLPMIDEVVKGNLGLVEEVADENRESDEKLNSNAVVKEEVVEGIEGDKVTESKRDVVDESVSKAVNSDEVKSGTPEEGEKEVVVANGVKLTPEGDAVVEEIKVDTPVPGVAVVSNIEDVEEDDEDEEVLLVGGPDDTNSVVEEPELESFGADDVKITSDLESVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037059`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037059

位置 Chr08:52473470-52477826 (+)

描述 Similar to TOC159: Translocase of chloroplast 159, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02510`	GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。	The major protein import receptor of plastids is essential for chloroplast biogenesis.2000 · DOI: 10.1038/35003214 Dimerization of Toc-GTPases at the chloroplast protein import machinery.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m305946200 The roles of toc34 and toc75 in targeting the toc159 preprotein receptor to chloroplasts.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m307873200 Functional specialization amongst the Arabidopsis Toc159 family of chloroplast protein import receptors.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.023309 AtToc90, a new GTP-binding component of the Arabidopsis chloroplast protein import machinery.2004 · DOI: 10.1023/b:plan.0000036374.92546.51 Deletion of core components of the plastid protein import machinery causes differential arrest of embryo development in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1055/s-2005-873044
`At2g16640`	GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。	Functional specialization amongst the Arabidopsis Toc159 family of chloroplast protein import receptors.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.023309 Deletion of core components of the plastid protein import machinery causes differential arrest of embryo development in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1055/s-2005-873044
`At3g16620`	GTPase 参与蛋白质前体导入叶绿体。	Functional specialization amongst the Arabidopsis Toc159 family of chloroplast protein import receptors.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.023309

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037059 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程

GO:0045037 protein import into chloroplast stroma 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009707 chloroplast outer membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0061927 TOC-TIC supercomplex I 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0004888 transmembrane signaling receptor activity 分子功能

GO:0004930 G protein-coupled receptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16640

ath:AT3G16620

ath:AT4G02510

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.233

排名 1 · LXL04_037059 · OH-1004

内质网0.199

排名 2 · LXL04_037059 · OH-1004

细胞质0.195

排名 3 · LXL04_037059 · OH-1004

细胞核0.161

排名 4 · LXL04_037059 · OH-1004

细胞膜0.151

排名 5 · LXL04_037059 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04548.23AIG1716-849 aa

PF01926.30MMR_HSR1717-809 aa

PF11886.14TOC159_MAD1079-1341 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037059	`PF04548.23`	AIG1	716	849	1.5e-18	67.7
LXL04_037059	`PF01926.30`	MMR_HSR1	717	809	1.4e-09	38.8
LXL04_037059	`PF11886.14`	TOC159_MAD	1079	1341	1.1e-119	399.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81283`	拟南芥	Translocase of chloroplast 159, chloroplastic	65.665%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SLF3`	拟南芥	Translocase of chloroplast 132, chloroplastic	51.511%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LUS2`	拟南芥	Translocase of chloroplast 120, chloroplastic	51.047%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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