LXL04_036918 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036918

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 50048745-50052089 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1737 bp · LXL04_036918|LXL04_036918|OH1004|cDNA

ATGTCTGGGTTTGAACCCATGACCTCTCATCTAAGAGGCAATGCCTCTACCAAGTGGGCTAGTCCCACATTGACATTTTTACCTACAACAGCCCCCATCTTGTCGTTCCCGGTCTCTCCTCCGCCGGTTCTTCATCTATCTTCGCCGATTCAGGACTCTCCGTTTTCGGTAGGCAGCTGTCATAGCCATGGCTACTTTAATTTCCCAAAATGCGAAGAACCAAAAAACCCACAAGATTCAAACACACCAAAAcccaaaaa...

CDS

下载 CDS FASTA

1737 bp · LXL04_036918|LXL04_036918|OH1004|CDS

ATGTCTGGGTTTGAACCCATGACCTCTCATCTAAGAGGCAATGCCTCTACCAAGTGGGCTAGTCCCACATTGACATTTTTACCTACAACAGCCCCCATCTTGTCGTTCCCGGTCTCTCCTCCGCCGGTTCTTCATCTATCTTCGCCGATTCAGGACTCTCCGTTTTCGGTAGGCAGCTGTCATAGCCATGGCTACTTTAATTTCCCAAAATGCGAAGAACCAAAAAACCCACAAGATTCAAACACACCAAAACCCAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

578 aa · LXL04_036918|LXL04_036918|OH1004|PROTEIN

MSGFEPMTSHLRGNASTKWASPTLTFLPTTAPILSFPVSPPPVLHLSSPIQDSPFSVGSCHSHGYFNFPKCEEPKNPQDSNTPKPKKKKKETKKDIEAETEQAIEMKKLENTLFGSLNPIKFFNKIQQSQEEEEEAPLFFTDRSANSVLSAYDGAPSGEIVTTDNPGPKKPVWVDEEEQKTTINISKINRLRKIRNTEDETIISGSEYISRLRAHHTKLNPGTNWAHPESKTYNSDDEDTILQTTEDLVVSGSSKLLPGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036918`
TK1151 ID	TkA04G017650
OH-1004 ID	LXL04_036918
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.409 / OH-1004 71.107 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036918

位置 Chr08:50048745-50052089 (-)

描述 Similar to At5g14050: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14050`	参与前 18S 核糖体 RNA 的核仁加工。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036918 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000292 RNA fragment catabolic process 生物过程

GO:0000447 endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000472 endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000480 endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程

GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0030686 90S preribosome 细胞组分

GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14050

hsa:51096

mmu:217109

sce:YJL069C

spo:2540529

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.939

排名 1 · LXL04_036918 · OH-1004

细胞质0.125

排名 2 · LXL04_036918 · OH-1004

线粒体0.024

排名 3 · LXL04_036918 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 4 · LXL04_036918 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_036918 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz275-441 aa

PF00400.39WD40276-303 aa

PF24814.2WD40_Prp19276-443 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5276-349 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3277-559 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st278-442 aa

PF24796.2WDR55278-481 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st281-442 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036918	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	275	441	2.5e-11	44.2
LXL04_036918	`PF00400.39`	WD40	276	303	7.3e-16	58.6
LXL04_036918	`PF24814.2`	WD40_Prp19	276	443	2.6e-15	57.0
LXL04_036918	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	276	349	1.5e-13	51.4
LXL04_036918	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	277	559	2.9e-23	82.9
LXL04_036918	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	278	442	1.4e-18	68.0
LXL04_036918	`PF24796.2`	WDR55	278	481	2e-10	41.0
LXL04_036918	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	281	442	2.6e-10	40.7
LXL04_036918	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	365	574	1.5e-13	51.4
LXL04_036918	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	373	516	3.4e-17	63.4
LXL04_036918	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	412	571	1.4e-18	68.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMU5`	拟南芥	U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 homolog	59.735%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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