LXL04_036859 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036859

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 49201707-49206802 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3558 bp · LXL04_036859|LXL04_036859|OH1004|cDNA

atgaaagaagaagaagaagaagatagaGCTCTGTTAAGTAGTCTGGGCGTCACATCAGCAAACCCAGAAGAAATCGAACTTGATATACTAGAAGAGGCAAGAAACCAAGTGGAAGGAACCACAGATGATGAACATCTTGAAAGAAGAAAAACTAATGAACCATCATCAACAACTCGAACAGATGTTATTAATAAATTAAGAGCCATAAATGTTGAAATAGATGCAGTTGCATGTACAGTTGAAGATGTTAAGAACTTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3558 bp · LXL04_036859|LXL04_036859|OH1004|CDS

ATGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGATAGAGCTCTGTTAAGTAGTCTGGGCGTCACATCAGCAAACCCAGAAGAAATCGAACTTGATATACTAGAAGAGGCAAGAAACCAAGTGGAAGGAACCACAGATGATGAACATCTTGAAAGAAGAAAAACTAATGAACCATCATCAACAACTCGAACAGATGTTATTAATAAATTAAGAGCCATAAATGTTGAAATAGATGCAGTTGCATGTACAGTTGAAGATGTTAAGAACTTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1185 aa · LXL04_036859|LXL04_036859|OH1004|PROTEIN

MKEEEEEDRALLSSLGVTSANPEEIELDILEEARNQVEGTTDDEHLERRKTNEPSSTTRTDVINKLRAINVEIDAVACTVEDVKNFSRTEEHTHSDDNDNENGEKSIMQGSSNDLNLQHALATDRLESLKRTKAQLEKQFEHLGNESNKGISVNNKHEKLLKSLVQEEPNHKRKQKEVESKNKKQKKKHKTVAFNDDDDFDAVLNAASAGFVETERDELVRKGILTPFHNLKGYERRIEEDNHNNNDNYNDLPSTSIARA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036859`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036859

位置 Chr08:49201707-49206802 (+)

描述 Similar to CHR8: Protein CHROMATIN REMODELING 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g18760`	转录偶联核苷酸切除修复（TCR）中必需的因子，使RNA聚合酶II阻断的损伤能够迅速从活跃基因的转录链上移除。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0102800`	转录偶联核苷酸切除修复（TCR）中必需的因子，使RNA聚合酶II阻断的损伤能够迅速从活跃基因的转录链上移除。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036859 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18760

dosa:Os01g0102800

hsa:2074

osa:4326441

sce:YJR035W

spo:2539473

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.938

排名 1 · LXL04_036859 · OH-1004

细胞质0.112

排名 2 · LXL04_036859 · OH-1004

线粒体0.020

排名 3 · LXL04_036859 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_036859 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_036859 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851.22ResIII383-585 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom387-716 aa

PF00271.38Helicase_C736-848 aa

PF25875.1WHD_Rad26_CSB1122-1185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036859	`PF04851.22`	ResIII	383	585	8.2e-06	26.5
LXL04_036859	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	387	716	3.2e-75	253.6
LXL04_036859	`PF00271.38`	Helicase_C	736	848	7e-24	84.9
LXL04_036859	`PF25875.1`	WHD_Rad26_CSB	1122	1185	5.9e-14	52.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZV43`	拟南芥	Protein CHROMATIN REMODELING 8	63.577%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7F2E4`	水稻	DNA excision repair protein CSB	60.743%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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