LXL04_036848 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036848

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 49135527-49142230 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2226 bp · LXL04_036848|LXL04_036848|OH1004|cDNA

ATGGACAAAGATACGACGCATCCTTATCTCAGTTTATTTGCTGCATTATCATATGGAATTGCATCAATGGCGATGGTTTTCATAAACAAAGCAGTCGTCATGGAGTATGCATACTCCATGACTCTCCTTACCTTACAGCAATTGGCAACTGcattacttatacattttggAAGAATAATGGGATTCACAAGAGCCAAACCACTAAATGTTGACACTGCTAAAAAACTTATACTCGTTTCACTATTTTACAATGGTAATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2226 bp · LXL04_036848|LXL04_036848|OH1004|CDS

ATGGACAAAGATACGACGCATCCTTATCTCAGTTTATTTGCTGCATTATCATATGGAATTGCATCAATGGCGATGGTTTTCATAAACAAAGCAGTCGTCATGGAGTATGCATACTCCATGACTCTCCTTACCTTACAGCAATTGGCAACTGCATTACTTATACATTTTGGAAGAATAATGGGATTCACAAGAGCCAAACCACTAAATGTTGACACTGCTAAAAAACTTATACTCGTTTCACTATTTTACAATGGTAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

741 aa · LXL04_036848|LXL04_036848|OH1004|PROTEIN

MDKDTTHPYLSLFAALSYGIASMAMVFINKAVVMEYAYSMTLLTLQQLATALLIHFGRIMGFTRAKPLNVDTAKKLILVSLFYNGNVAFALASLKGVNIPMYIAIKRLTPLAVLIAGLFYKKGKHSKQVIFSVSLTAAGVMIAALGDFSFDLFGYIMALISVFFQTMYLVLVERSGAEEGLSSIEIMFYNSLLSLPFLVFLIIVTSEFPNSISLLYAKSASLYFLVMFVLSLMMGIILNYTMFLCTIVNSALTTTIVGVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036848`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036848

位置 Chr08:49135527-49142230 (+)

描述 Similar to At2g20420: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20420`	琥珀酰辅酶A合成酶在三羧酸循环（TCA）中起作用，将琥珀酰辅酶A的水解与ATP的合成耦合，因此代表TCA中唯一的底物水平磷酸化步骤。	暂无已核实直接文献
`At4g31600`	转运 UDP-葡萄糖和 UDP-半乳糖的核苷酸-糖转运蛋白。	Arabidopsis thaliana AtUTr7 encodes a golgi-localized UDP-glucose/UDP-galactose transporter that affects lateral root emergence.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss074

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0621700`	琥珀酰辅酶A合成酶在三羧酸循环（TCA）中起作用，将琥珀酰辅酶A的水解与ATP的合成耦合，因此代表TCA中唯一的底物水平磷酸化步骤。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036848 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006099 tricarboxylic acid cycle 生物过程

GO:0006104 succinyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:0006105 succinate metabolic process 生物过程

GO:0015786 UDP-glucose transmembrane transport 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0072334 UDP-galactose transmembrane transport 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20420

ath:AT4G31600

ddi:DDB_G0271842

dosa:Os02g0621700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.576

排名 1 · LXL04_036848 · OH-1004

线粒体0.111

排名 2 · LXL04_036848 · OH-1004

细胞质0.107

排名 3 · LXL04_036848 · OH-1004

高尔基体0.077

排名 4 · LXL04_036848 · OH-1004

过氧化物酶体0.072

排名 5 · LXL04_036848 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03151.23TPT20-297 aa

PF08449.18UAA27-257 aa

PF08442.16ATP-grasp_2347-555 aa

PF24948.2Citrate_synth_N366-580 aa

PF00549.25Ligase_CoA615-735 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036848	`PF03151.23`	TPT	20	297	1.6e-10	41.6
LXL04_036848	`PF08449.18`	UAA	27	257	7e-09	36.0
LXL04_036848	`PF08442.16`	ATP-grasp_2	347	555	3.3e-59	200.6
LXL04_036848	`PF24948.2`	Citrate_synth_N	366	580	6.8e-12	46.0
LXL04_036848	`PF00549.25`	Ligase_CoA	615	735	6.3e-36	124.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82662`	拟南芥	Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial	87.351%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94B65`	拟南芥	UDP-galactose/UDP-glucose transporter 7	77.852%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K9N6`	水稻	Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial	86.396%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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