LXL04_036745 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036745

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 47741822-47744371 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2550 bp · LXL04_036745|LXL04_036745|OH1004|cDNA

ATGCTTTGCCATGTCTTTCACTATACCCACAAACCGGCAAACAGCGACAACCTGAATCAAATTACGAATTTTTTGAAACAATCAAATTGGGAACAGAATATACATCTGAAGACACTTGCGTCTCACATGAGTCCTGAATCAGCGTGTAAGGTCATTTCCCTTCACAGCGAGAACATCGCACTGTGTGTCCGGTTTTTCAAATGGGTGTGTAAACAGTCAACTTATTGTTACAGTATAGATAGTAGAATACATCTCGTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2550 bp · LXL04_036745|LXL04_036745|OH1004|CDS

ATGCTTTGCCATGTCTTTCACTATACCCACAAACCGGCAAACAGCGACAACCTGAATCAAATTACGAATTTTTTGAAACAATCAAATTGGGAACAGAATATACATCTGAAGACACTTGCGTCTCACATGAGTCCTGAATCAGCGTGTAAGGTCATTTCCCTTCACAGCGAGAACATCGCACTGTGTGTCCGGTTTTTCAAATGGGTGTGTAAACAGTCAACTTATTGTTACAGTATAGATAGTAGAATACATCTCGTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

849 aa · LXL04_036745|LXL04_036745|OH1004|PROTEIN

MLCHVFHYTHKPANSDNLNQITNFLKQSNWEQNIHLKTLASHMSPESACKVISLHSENIALCVRFFKWVCKQSTYCYSIDSRIHLVNLIMRSNLFGVLHKVIVALIKDCSHSVNEGLRLISVVDDIRKSGFGISYPCYSTLLMCLSKLQMGLPAFSVYKRMVNDGFILGLIDYKTLINALCKIGFVRAAEMFVSRILKLGFTIDVHISTSLVLGHCRTGDLKHAFQVFDEMSNQDGCGANEVTFTILIHGLCEAGELTEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036745`
TK1151 ID	TkA04G026360
OH-1004 ID	LXL04_036745
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	68.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 89.517 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036745

位置 Chr08:47741822-47744371 (+)

描述 Similar to At3g07290: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g07290, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07290`	含五重复肽的蛋白 At3g07290，位于线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g65560`	含五基重复肽结构蛋白 At5g65560。	暂无已核实直接文献
`At1g62670`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62930`	含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q76C99`	降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036745 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07290

ath:AT5G65560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.853

排名 1 · LXL04_036745 · OH-1004

质体0.065

排名 2 · LXL04_036745 · OH-1004

细胞核0.047

排名 3 · LXL04_036745 · OH-1004

细胞质0.037

排名 4 · LXL04_036745 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_036745 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2204-252 aa

PF12854.14PPR_1209-232 aa

PF17177.11PPR_long217-322 aa

PF29070.1MSC6_N218-336 aa

PF23276.3TPR_24235-337 aa

PF12854.14PPR_1236-268 aa

PF13041.13PPR_2240-286 aa

PF01535.27PPR242-271 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036745	`PF13041.13`	PPR_2	204	252	1.5e-148	483.6
LXL04_036745	`PF12854.14`	PPR_1	209	232	1.8e-117	383.4
LXL04_036745	`PF17177.11`	PPR_long	217	322	4.7e-40	137.9
LXL04_036745	`PF29070.1`	MSC6_N	218	336	7e-37	128.1
LXL04_036745	`PF23276.3`	TPR_24	235	337	2.9e-47	160.6
LXL04_036745	`PF12854.14`	PPR_1	236	268	1.8e-117	383.4
LXL04_036745	`PF13041.13`	PPR_2	240	286	1.5e-148	483.6
LXL04_036745	`PF01535.27`	PPR	242	271	1.2e-101	326.8
LXL04_036745	`PF13812.13`	PPR_3	263	319	4.8e-66	219.5
LXL04_036745	`PF13041.13`	PPR_2	279	323	1.5e-148	483.6
LXL04_036745	`PF17177.11`	PPR_long	294	422	4.7e-40	137.9
LXL04_036745	`PF13812.13`	PPR_3	298	356	4.8e-66	219.5
LXL04_036745	`PF12854.14`	PPR_1	305	337	1.8e-117	383.4
LXL04_036745	`PF01535.27`	PPR	313	342	1.2e-101	326.8
LXL04_036745	`PF13041.13`	PPR_2	316	355	1.5e-148	483.6
LXL04_036745	`PF12854.14`	PPR_1	340	373	1.8e-117	383.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SFV9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g07290, mitochondrial	47.312%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSL9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560	32.995%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SXD1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial	29.811%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ14`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic	27.799%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q76C99`	水稻	Protein Rf1, mitochondrial	28.070%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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