LXL04_036736 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036736

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 47549467-47550654 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

963 bp · LXL04_036736|LXL04_036736|OH1004|cDNA

ATGGTAAATTGGGAAGAATGGACGAGTTTTTATGATGGAACTTACTACGAGATGAGTGATATTCCCGCAATGAACCTAAATGAAGGAGGTGTTTCGCGTCAAGATTTAATAGACTGGGTACAAAATGTGGGACATGGTATTGATTATGTCATCGTTATTAAAAAATCTCGACGTAACTACAATGTTGTATTTCAATGTGATCGTGGTGGTGTATACAGATCTACGAAAAACTCTACAAGAAATGCTGgcacaaaaaaaat...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · LXL04_036736|LXL04_036736|OH1004|CDS

ATGGTAAATTGGGAAGAATGGACGAGTTTTTATGATGGAACTTACTACGAGATGAGTGATATTCCCGCAATGAACCTAAATGAAGGAGGTGTTTCGCGTCAAGATTTAATAGACTGGGTACAAAATGTGGGACATGGTATTGATTATGTCATCGTTATTAAAAAATCTCGACGTAACTACAATGTTGTATTTCAATGTGATCGTGGTGGTGTATACAGATCTACGAAAAACTCTACAAGAAATGCTGGCACAAAAAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

320 aa · LXL04_036736|LXL04_036736|OH1004|PROTEIN

MVNWEEWTSFYDGTYYEMSDIPAMNLNEGGVSRQDLIDWVQNVGHGIDYVIVIKKSRRNYNVVFQCDRGGVYRSTKNSTRNAGTKKINCPFKLQGRYTASGDSWNVKMVCEMHNHQPALFLEGHPYPRRLTEDETRLVEDLLEKNVKPKDIVSTLKKQNVNNLSTIKTIYNADEKIRRTKRGDKSQMQVVMEFLEHNDFVHESRANASTNELEDLFFAHPKSLEIWRAFPHVVLMDGTYNTNRYKLPLLEIVGVTPTNMI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036736`
TK1151 ID	TkA04G026900
OH-1004 ID	LXL04_036736
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 54.745 / OH-1004 47.188 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036736

位置 Chr08:47549467-47550654 (+)

描述 Similar to CHGG_01239: PKS-NRPS hybrid synthetase CHGG_01239 (Chaetomium globosum (strain ATCC 6205 / CBS 148.51 / DSM 1962 / NBRC 6347 / NRRL 1970)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22170`	转录激活剂，可识别并结合 DNA 共有序列 5'-CACGCGC-3'。	Arabidopsis FHY3 defines a key phytochrome A signaling component directly interacting with its homologous partner FAR1.2002 · DOI: 10.1093/emboj/21.6.1339 The FHY3 and FAR1 genes encode transposase-related proteins involved in regulation of gene expression by the phytochrome A-signaling pathway.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01741.x Arabidopsis FHY3 specifically gates phytochrome signaling to the circadian clock.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.037358 Transposase-derived transcription factors regulate light signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1126/science.1146281 Discrete and essential roles of the multiple domains of Arabidopsis FHY3 in mediating phytochrome A signal transduction.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.120436 Transposase-derived proteins FHY3/FAR1 interact with PHYTOCHROME-INTERACTING FACTOR1 to regulate chlorophyll biosynthesis by modulating HEMB1 during deetiolation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097022
`At1g76320`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At4g38180`	假定的转录激活剂参与调节发育的光控制。	暂无已核实直接文献
`At4g15090`	转录激活剂，可识别并结合 DNA 共有序列 5'-CACGCGC-3'。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036736 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009403 toxin biosynthetic process 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010018 far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76320

ath:AT3G22170

ath:AT4G15090

ath:AT4G38180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.919

排名 1 · LXL04_036736 · OH-1004

细胞质0.130

排名 2 · LXL04_036736 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 3 · LXL04_036736 · OH-1004

内质网0.015

排名 4 · LXL04_036736 · OH-1004

细胞外0.013

排名 5 · LXL04_036736 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08731.18AFT33-116 aa

PF21056.4ZSWIM1-3_RNaseH-like193-305 aa

PF10551.16MULE232-312 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036736	`PF08731.18`	AFT	33	116	6.2e-09	36.8
LXL04_036736	`PF21056.4`	ZSWIM1-3_RNaseH-like	193	305	3.6e-10	40.6
LXL04_036736	`PF10551.16`	MULE	232	312	3.1e-17	63.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LIE5`	拟南芥	Protein FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL 3	20.067%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NQJ7`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 4	21.533%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SZL8`	拟南芥	Protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5	20.472%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SWG3`	拟南芥	Protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1	23.986%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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