LXL04_036269 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036269

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 39084657-39086907 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1602 bp · LXL04_036269|LXL04_036269|OH1004|cDNA

ATGGGTAATTGCTGTGCCACACCCTCCACCACTGATTCTGAGAAGAAAAAAGGGAAAAACAAACCGAACCCGTTCTCATTAGACTACGGTGGGTCTAATCCATCAGGAACTGGCGGATATAAAACCACTGTGTTAGAAAACCCAACCGGACATGAGATCGAGAAAACATATGTTCTTGGTAAAGAAATGGGTAGAGGCGAATTTGGGATTACTTACATGTGTACCGATAAATCCACCGGTGAAGTTTTCGCCTGCAAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1602 bp · LXL04_036269|LXL04_036269|OH1004|CDS

ATGGGTAATTGCTGTGCCACACCCTCCACCACTGATTCTGAGAAGAAAAAAGGGAAAAACAAACCGAACCCGTTCTCATTAGACTACGGTGGGTCTAATCCATCAGGAACTGGCGGATATAAAACCACTGTGTTAGAAAACCCAACCGGACATGAGATCGAGAAAACATATGTTCTTGGTAAAGAAATGGGTAGAGGCGAATTTGGGATTACTTACATGTGTACCGATAAATCCACCGGTGAAGTTTTCGCCTGCAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

533 aa · LXL04_036269|LXL04_036269|OH1004|PROTEIN

MGNCCATPSTTDSEKKKGKNKPNPFSLDYGGSNPSGTGGYKTTVLENPTGHEIEKTYVLGKEMGRGEFGITYMCTDKSTGEVFACKSISKKKLRTRVDVEDVKREVEIMKHMPPHPNIVRLKDTYEDDNAVHLVMELCEGGELFDRIVARGHYTERAAAGVTKTIVEVIQMCHKHGVMHRDLKPENFLFANKKETAALKAIDFGLSVFFKPGERFNEIVGSPYYMAPEVLKRNYGPEVDVWSAGVILYILLCGVPPFWAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036269`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036269

位置 Chr08:39084657-39086907 (-)

描述 Similar to CPK7: Calcium-dependent protein kinase 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g12480`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g19450`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g57530`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	Arabidopsis calcium-dependent protein kinase AtCPK32 interacts with ABF4, a transcriptional regulator of abscisic acid-responsive gene expression, and modulates its activity.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.069757
`At2g41860`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0568600`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036269 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0004698 calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41860

ath:AT3G57530

ath:AT5G12480

ath:AT5G19450

dosa:Os07g0568600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.628

排名 1 · LXL04_036269 · OH-1004

细胞质0.339

排名 2 · LXL04_036269 · OH-1004

细胞核0.214

排名 3 · LXL04_036269 · OH-1004

高尔基体0.055

排名 4 · LXL04_036269 · OH-1004

内质网0.048

排名 5 · LXL04_036269 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase57-315 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr59-310 aa

PF03109.23ABC1132-214 aa

PF14531.13Kinase-like148-303 aa

PF13499.13EF-hand_7363-421 aa

PF13405.13EF-hand_6363-391 aa

PF13833.13EF-hand_8382-425 aa

PF23564.2EF-hand_FSTL1424-497 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036269	`PF00069.32`	Pkinase	57	315	4.7e-81	272.8
LXL04_036269	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	59	310	3e-26	93.0
LXL04_036269	`PF03109.23`	ABC1	132	214	9.1e-06	25.7
LXL04_036269	`PF14531.13`	Kinase-like	148	303	7.7e-08	32.7
LXL04_036269	`PF13499.13`	EF-hand_7	363	421	1.6e-27	96.4
LXL04_036269	`PF13405.13`	EF-hand_6	363	391	2e-21	74.3
LXL04_036269	`PF13833.13`	EF-hand_8	382	425	2.7e-14	53.3
LXL04_036269	`PF23564.2`	EF-hand_FSTL1	424	497	5.5e-08	33.9
LXL04_036269	`PF13499.13`	EF-hand_7	433	496	1.6e-27	96.4
LXL04_036269	`PF00036.39`	EF-hand_1	435	460	2.4e-26	90.0
LXL04_036269	`PF13405.13`	EF-hand_6	435	460	2e-21	74.3
LXL04_036269	`PF13202.13`	EF-hand_5	435	457	4.9e-19	67.6
LXL04_036269	`PF13833.13`	EF-hand_8	446	496	2.7e-14	53.3
LXL04_036269	`PF00036.39`	EF-hand_1	472	497	2.4e-26	90.0
LXL04_036269	`PF13202.13`	EF-hand_5	476	495	4.9e-19	67.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38873`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 7	78.505%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q42438`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 8	79.174%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6NLQ6`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 32	76.252%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P93759`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 14	75.332%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84SL0`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 20	74.635%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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