LXL04_036267 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036267

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 39068443-39069469 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

828 bp · LXL04_036267|LXL04_036267|OH1004|cDNA

ATGGCTGAAAGAGGCGGAGATCGTGGCGGCTTCGGAAGGGGTTTCGGTGACCGTGGTAGAGGAGGCCGAGGTGGTGACCGTGGTAGAGGTCGTCGCCGTGGACCTCGCCGTGACACAGAGGAAGAGAAATGGGTTCCAGTAACCAAGCTCGGCCGTCTCGTGAAGGACGGTAAGATCACCAAGCTTGAAGAAGTCTACCTACATTCCCTCCCCATCAAGGAACATCAAATCATTGATCAAATCCTACCGTCACTTAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

828 bp · LXL04_036267|LXL04_036267|OH1004|CDS

ATGGCTGAAAGAGGCGGAGATCGTGGCGGCTTCGGAAGGGGTTTCGGTGACCGTGGTAGAGGAGGCCGAGGTGGTGACCGTGGTAGAGGTCGTCGCCGTGGACCTCGCCGTGACACAGAGGAAGAGAAATGGGTTCCAGTAACCAAGCTCGGCCGTCTCGTGAAGGACGGTAAGATCACCAAGCTTGAAGAAGTCTACCTACATTCCCTCCCCATCAAGGAACATCAAATCATTGATCAAATCCTACCGTCACTTAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

275 aa · LXL04_036267|LXL04_036267|OH1004|PROTEIN

MAERGGDRGGFGRGFGDRGRGGRGGDRGRGRRRGPRRDTEEEKWVPVTKLGRLVKDGKITKLEEVYLHSLPIKEHQIIDQILPSLKDEVMKIMPVQKQTRAGQRTRFKAFVVVGDSNGHVGLGVKCSKEVATAIRGAIILAKLSVIPVRRGYWGNKIGKPHTVPCKVTGKCGSVTVRLIPAPRGSGIVAARVPKKVLQFAGIDDVFTSSRGSTKTLGNFVKATFDCLLKTYGFLTPDFWRETRFSRSPYQEYTDMLAKPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036267`
TK1151 ID	TkA04G058990
OH-1004 ID	LXL04_036267
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036267

位置 Chr08:39068443-39069469 (-)

描述 Similar to RPS2D: 40S ribosomal protein S2-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57490`	小核糖体亚基蛋白 uS5w。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q93VB8`	小核糖体亚基蛋白 uS5y/uS5u/uS5v。	暂无已核实直接文献
`At1g58380`	小核糖体亚基蛋白 uS5z。	暂无已核实直接文献
`At2g41840`	核糖体的组分，核糖核蛋白复合体的一部分，负责细胞内蛋白质的合成。	AtMBD6, a methyl CpG binding domain protein, maintains gene silencing in Arabidopsis by interacting with RNA binding proteins.2017 · DOI: 10.1007/s12038-016-9658-1

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036267 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0022627 cytosolic small ribosomal subunit 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003735 structural constituent of ribosome 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G58380

ath:AT1G58684

ath:AT1G58983

ath:AT1G59359

ath:AT2G41840

ath:AT3G57490

ipu:100304556

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.803

排名 1 · LXL04_036267 · OH-1004

细胞核0.254

排名 2 · LXL04_036267 · OH-1004

线粒体0.083

排名 3 · LXL04_036267 · OH-1004

内质网0.065

排名 4 · LXL04_036267 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 5 · LXL04_036267 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00333.27Ribosomal_S585-149 aa

PF03719.22Ribosomal_S5_C169-240 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036267	`PF00333.27`	Ribosomal_S5	85	149	2.2e-30	105.2
LXL04_036267	`PF03719.22`	Ribosomal_S5_C	169	240	3.8e-25	87.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCM3`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS5w	87.336%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93VB8`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS5y/uS5u/uS5v	86.076%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L8Y0`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS5z	86.076%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P49688`	拟南芥	Small ribosomal subunit protein uS5x	84.810%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情