LXL04_036248 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036248

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 38551121-38562002 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5913 bp · LXL04_036248|LXL04_036248|OH1004|cDNA

ATGGCAGGCGCAAAAGATGAAATGCCGCCGGCCATGGGAGAATATATGTCGCTGATGCTTTGTGAGAGTGATGAAGACCAGCCAGTTGAAGATGAGAGTGATGAAGACCAGTCAATTGAAAAAAATGGTGATGACGGTGCTGATTCAGAGGAATACGACATTATAGACGAGGAGAACAATGTACCAGAAGTTGAGGTTGACATGGCTGATTTCATACTAAACCTTGATGGAGATGAAAGTAATACGGATGGAGGGGTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

5913 bp · LXL04_036248|LXL04_036248|OH1004|CDS

ATGGCAGGCGCAAAAGATGAAATGCCGCCGGCCATGGGAGAATATATGTCGCTGATGCTTTGTGAGAGTGATGAAGACCAGCCAGTTGAAGATGAGAGTGATGAAGACCAGTCAATTGAAAAAAATGGTGATGACGGTGCTGATTCAGAGGAATACGACATTATAGACGAGGAGAACAATGTACCAGAAGTTGAGGTTGACATGGCTGATTTCATACTAAACCTTGATGGAGATGAAAGTAATACGGATGGAGGGGTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1970 aa · LXL04_036248|LXL04_036248|OH1004|PROTEIN

MAGAKDEMPPAMGEYMSLMLCESDEDQPVEDESDEDQSIEKNGDDGADSEEYDIIDEENNVPEVEVDMADFILNLDGDESNTDGGVADEEVDEDLDVPMEERTKEKKMSSSSGRQLKAMLRKNWLLKIRHPYITLAEILLPLVVMVMLMAVRTQVDTTIHPAQSYIQKDTFVEVGKSSISPTFNQVLQSLLANGEYLAFAPNTSDTRTMINILSYKFPLMQMVTKVYKDELELETYLKSNVYASCSEVKNCSNPKIRGAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036248`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036248

位置 Chr08:38551121-38562002 (-)

描述 Similar to ABCA1: ABC transporter A family member 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41700`	ABC转运蛋白A家族成员1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036248 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006855 xenobiotic transmembrane transport 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0010875 positive regulation of cholesterol efflux 生物过程

GO:0015914 phospholipid transport 生物过程

GO:0031340 positive regulation of vesicle fusion 生物过程

GO:0032464 positive regulation of protein homooligomerization 生物过程

GO:0042908 xenobiotic transport 生物过程

GO:0043129 surfactant homeostasis 生物过程

GO:0046470 phosphatidylcholine metabolic process 生物过程

GO:0046471 phosphatidylglycerol metabolic process 生物过程

GO:0046618 xenobiotic export from cell 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41700

hsa:21

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.373

排名 1 · LXL04_036248 · OH-1004

溶酶体／液泡0.293

排名 2 · LXL04_036248 · OH-1004

细胞质0.199

排名 3 · LXL04_036248 · OH-1004

内质网0.176

排名 4 · LXL04_036248 · OH-1004

高尔基体0.166

排名 5 · LXL04_036248 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12698.14ABC2_membrane_3135-584 aa

PF00005.34ABC_tran669-812 aa

PF13304.13AAA_21776-842 aa

PF26955.1ACT_13877-956 aa

PF12698.14ABC2_membrane_31067-1472 aa

PF00005.34ABC_tran1565-1707 aa

PF13304.13AAA_211677-1742 aa

PF23321.2R1_ABCA11895-1956 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036248	`PF12698.14`	ABC2_membrane_3	135	584	1.9e-61	208.8
LXL04_036248	`PF00005.34`	ABC_tran	669	812	1.2e-58	198.3
LXL04_036248	`PF13304.13`	AAA_21	776	842	3.4e-21	77.2
LXL04_036248	`PF26955.1`	ACT_13	877	956	2.5e-18	66.6
LXL04_036248	`PF12698.14`	ABC2_membrane_3	1067	1472	1.9e-61	208.8
LXL04_036248	`PF00005.34`	ABC_tran	1565	1707	1.2e-58	198.3
LXL04_036248	`PF13304.13`	AAA_21	1677	1742	3.4e-21	77.2
LXL04_036248	`PF23321.2`	R1_ABCA1	1895	1956	2.4e-11	44.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84M24`	拟南芥	ABC transporter A family member 1	70.259%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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