LXL04_036047 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036047

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 34695396-34697906 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2511 bp · LXL04_036047|LXL04_036047|OH1004|cDNA

ATGGAAGAAGACCAAGAAAGAGAAAGATTTGGCATGGAGAACGACTATGAAGGTGGGCAGTGGATAGGAGGCGAATTCTATTATGGAAAACGAAAGGAAAAACACCACCAGACCAAAGATGATCAGCTATACGGTATCTTTGCTTCTGGTGACTCGGATAGTGACTCAGAAGGCAGCTCCAAGAAAAGACGAAAAAAAGGTTTATCCAAAAAACAACAAGATCTCACCAAACCCCTCAATTTTGTCTCAAGTGGGATTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2511 bp · LXL04_036047|LXL04_036047|OH1004|CDS

ATGGAAGAAGACCAAGAAAGAGAAAGATTTGGCATGGAGAACGACTATGAAGGTGGGCAGTGGATAGGAGGCGAATTCTATTATGGAAAACGAAAGGAAAAACACCACCAGACCAAAGATGATCAGCTATACGGTATCTTTGCTTCTGGTGACTCGGATAGTGACTCAGAAGGCAGCTCCAAGAAAAGACGAAAAAAAGGTTTATCCAAAAAACAACAAGATCTCACCAAACCCCTCAATTTTGTCTCAAGTGGGATTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

836 aa · LXL04_036047|LXL04_036047|OH1004|PROTEIN

MEEDQERERFGMENDYEGGQWIGGEFYYGKRKEKHHQTKDDQLYGIFASGDSDSDSEGSSKKRRKKGLSKKQQDLTKPLNFVSSGIVMPNEEIDDITKQEKQKDDQDDDNHPGLGQGLGFNSDKKEVNETPIDFLPTAFGKMIKEGALQRREKEIEKSRLTKKSTNLGLGKREAKDDGNVGVFEKHTKGIGMKLLEKMGYKGGGLGRNAQGIVAPIEAKLRPKNMGMGFNDYKEAANAPTLLESTDEIKVLTQTTTQQKD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036047`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036047

位置 Chr08:34695396-34697906 (+)

描述 Similar to STIPL1: Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17070`	参与前mRNA剪接，尤其在晚期剪接事件中剪接体解离（通过相似性推测）。	Mutation of Arabidopsis spliceosomal timekeeper locus1 causes circadian clock defects.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.104828
`At2g42330`	参与前mRNA剪接，特别是在剪接晚期事件中剪接体的解离。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036047 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000390 spliceosomal complex disassembly 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0031981 nuclear lumen 细胞组分

GO:0071008 U2-type post-mRNA release spliceosomal complex 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:1990446 U1 snRNP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17070

ath:AT2G42330

bta:509349

xla:447466

xtr:100038256

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.533

排名 1 · LXL04_036047 · OH-1004

细胞质0.414

排名 2 · LXL04_036047 · OH-1004

高尔基体0.072

排名 3 · LXL04_036047 · OH-1004

内质网0.067

排名 4 · LXL04_036047 · OH-1004

细胞膜0.043

排名 5 · LXL04_036047 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12457.14TIP_N4-109 aa

PF01585.29G-patch187-228 aa

PF07842.18GCFC405-666 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036047	`PF12457.14`	TIP_N	4	109	2e-22	80.2
LXL04_036047	`PF01585.29`	G-patch	187	228	2.5e-14	53.6
LXL04_036047	`PF07842.18`	GCFC	405	666	8.9e-81	272.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SHG6`	拟南芥	Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog 1	52.656%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SLC6`	拟南芥	Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog 2	46.848%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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