LXL04_036010 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036010

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 34094084-34103142 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4239 bp · LXL04_036010|LXL04_036010|OH1004|cDNA

ATGTTAACCAAAATCGGTGGTCACAAAGGTCGGGAAATAGCCGGCGACGATGAAGGACGTCAAGTGCGTGATGGGCGTAACTGGATCGAGAGAATTAGGGCGAAATATGAGTTGAGAATTATGAGCGAAAAGAGGGAAGAGGGGATAAAAGAAAATAGAGTCGACGGATCGAATTTTTTATTACTTTTTCAGTTAGTGGAATATTGGGTGCTTGGTGAACTTAATAGTAGATTTCATGAGGCGGCTACTGAATTACTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

4239 bp · LXL04_036010|LXL04_036010|OH1004|CDS

ATGTTAACCAAAATCGGTGGTCACAAAGGTCGGGAAATAGCCGGCGACGATGAAGGACGTCAAGTGCGTGATGGGCGTAACTGGATCGAGAGAATTAGGGCGAAATATGAGTTGAGAATTATGAGCGAAAAGAGGGAAGAGGGGATAAAAGAAAATAGAGTCGACGGATCGAATTTTTTATTACTTTTTCAGTTAGTGGAATATTGGGTGCTTGGTGAACTTAATAGTAGATTTCATGAGGCGGCTACTGAATTACTACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1412 aa · LXL04_036010|LXL04_036010|OH1004|PROTEIN

MLTKIGGHKGREIAGDDEGRQVRDGRNWIERIRAKYELRIMSEKREEGIKENRVDGSNFLLLFQLVEYWVLGELNSRFHEAATELLLCMACLSPDDSFSSFNKEKLVKLAHCVHFTGLKGVGHLAAKLVETKKNFIYPLVYQLIKLVLVLPVSTASVERSFSAMKIVKTRLRNEIGDQWLNDCLVTYIEKEIFETVPNESILKRFQKIENYAPAIGIDLGTTYSCVAVWKHDRIEIIPNDQGNRTTPSCVAFDDTERLIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036010`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036010

位置 Chr08:34094084-34103142 (-)

描述 Similar to HSP70: Heat shock cognate 70 kDa protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02500`	与其他伴侣蛋白合作，Hsp70 是关键组分，可促进新合成蛋白的折叠，协助前体蛋白转运进入细胞器，并负责在应激条件下降解受损蛋白（可能）。	Physiological and molecular assessment of altered expression of Hsc70-1 in Arabidopsis. Evidence for pleiotropic consequences.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.019398 Interaction between SGT1 and cytosolic/nuclear HSC70 chaperones regulates Arabidopsis immune responses.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051896 WPP-domain proteins mimic the activity of the HSC70-1 chaperone in preventing mistargeting of RanGAP1-anchoring protein WIT1.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143404 The cytosolic/nuclear HSC70 and HSP90 molecular chaperones are important for stomatal closure and modulate abscisic acid-dependent physiological responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.174425
`At3g12580`	与其他伴侣蛋白合作，Hsp70 是关键组分，可促进新合成蛋白的折叠，协助前体蛋白转运进入细胞器，并负责在应激条件下降解受损蛋白（可能）。	Comprehensive expression profile analysis of the Arabidopsis Hsp70 gene family.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.2.789 Heat shock protein cognate 70-4 and an E3 ubiquitin ligase, CHIP, mediate plastid-destined precursor degradation through the ubiquitin-26S proteasome system in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071548
`At3g09440`	在其他分子伴侣的协作下，Hsp70s 是促进新合成蛋白折叠、协助前体蛋白转运到细胞器，并在应激条件下负责损伤蛋白降解的关键成分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036010 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0090332 stomatal closure 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G02500

sly:101247772

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.726

排名 1 · LXL04_036010 · OH-1004

细胞核0.267

排名 2 · LXL04_036010 · OH-1004

线粒体0.105

排名 3 · LXL04_036010 · OH-1004

细胞膜0.078

排名 4 · LXL04_036010 · OH-1004

内质网0.058

排名 5 · LXL04_036010 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05699.20Dimer_Tnp_hAT136-190 aa

PF00012.27HSP70214-795 aa

PF06723.20MreB_Mbl346-593 aa

PF00012.27HSP70815-1409 aa

PF06723.20MreB_Mbl945-1193 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036010	`PF05699.20`	Dimer_Tnp_hAT	136	190	3.1e-07	30.8
LXL04_036010	`PF00012.27`	HSP70	214	795		1516.8
LXL04_036010	`PF06723.20`	MreB_Mbl	346	593	6.8e-32	111.3
LXL04_036010	`PF00012.27`	HSP70	815	1409		1516.8
LXL04_036010	`PF06723.20`	MreB_Mbl	945	1193	6.8e-32	111.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P22953`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 1	64.484%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LHA8`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 4	64.484%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O65719`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 3	64.157%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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