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基因概览

LXL04_035765

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 28493184-28495738 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2481 bp · LXL04_035765|LXL04_035765|OH1004|cDNA

ATGATGGATTCAACATCTTCTAGTGATTGGGGTTACGATGTATTTATTAGTTACAGAGGTGAAGACATCGGCAAAACATTCATGGATCATCTCTTCAGCAATTTAAAAAGGAAAGGAATTCATACATATGGGGACAAAAATCAGTTAaccagagaagaagaagaagaagaagaaaaagaaacatcTTCAAAATCCTACAACGCCATTGAACAATCAAGGTTCTTAATAATCATCTTCTCACAAAACTACGCTTCATCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2481 bp · LXL04_035765|LXL04_035765|OH1004|CDS

ATGATGGATTCAACATCTTCTAGTGATTGGGGTTACGATGTATTTATTAGTTACAGAGGTGAAGACATCGGCAAAACATTCATGGATCATCTCTTCAGCAATTTAAAAAGGAAAGGAATTCATACATATGGGGACAAAAATCAGTTAACCAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAACATCTTCAAAATCCTACAACGCCATTGAACAATCAAGGTTCTTAATAATCATCTTCTCACAAAACTACGCTTCATCAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

826 aa · LXL04_035765|LXL04_035765|OH1004|PROTEIN

MMDSTSSSDWGYDVFISYRGEDIGKTFMDHLFSNLKRKGIHTYGDKNQLTREEEEEEEKETSSKSYNAIEQSRFLIIIFSQNYASSTLCLKQLAKILECKEREKNKYELRCIFYDVKPSVVRYQTATYKHAIMKHESNHETEVLKWKQALTLAANLSGWDLHDMTNGHEPNFIDLISKEIFYKLIDGPTHVSNNLVGLYARAEQMNLLQFVDSDKVHMIGICGIGGIGKTTVAKAVYNLLYKHFEGHSFCEDVKNVVNQN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035765`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035765

位置 Chr08:28493184-28495738 (+)

描述 Similar to RUN1: Disease resistance protein RUN1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11170`	推定的抗病蛋白At4g11170。	暂无已核实直接文献
`At1g63880`	TIR-NB-LRR 受体样蛋白，可使植物对病原体黑腊菌（黑腿病）产生抗性。	Transgressive segregation reveals two Arabidopsis TIR-NB-LRR resistance genes effective against Leptosphaeria maculans, causal agent of blackleg disease.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02688.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035765 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63880

ath:AT4G11170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.467

排名 1 · LXL04_035765 · OH-1004

细胞核0.275

排名 2 · LXL04_035765 · OH-1004

细胞膜0.273

排名 3 · LXL04_035765 · OH-1004

内质网0.091

排名 4 · LXL04_035765 · OH-1004

质体0.046

排名 5 · LXL04_035765 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582.26TIR12-190 aa

PF13676.12TIR_214-119 aa

PF00931.29NB-ARC211-359 aa

PF23282.2WHD_ROQ1427-496 aa

PF23598.2LRR_14742-822 aa

PF13855.13LRR_8750-806 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035765	`PF01582.26`	TIR	12	190	5.7e-34	118.2
LXL04_035765	`PF13676.12`	TIR_2	14	119	4.4e-10	40.8
LXL04_035765	`PF00931.29`	NB-ARC	211	359	1.2e-19	71.2
LXL04_035765	`PF23282.2`	WHD_ROQ1	427	496	1.3e-16	61.2
LXL04_035765	`PF23598.2`	LRR_14	742	822	1.9e-09	37.5
LXL04_035765	`PF13855.13`	LRR_8	750	806	1.1e-10	41.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82500`	拟南芥	Putative disease resistance protein At4g11170	35.121%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAK1`	拟南芥	Disease resistance protein RML1B	33.608%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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