LXL04_035741 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035741

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 28127093-28132018 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1626 bp · LXL04_035741|LXL04_035741|OH1004|cDNA

ATGCCGCGAAGCTTCGCGGTCTGCATTGCCATCGGAGCTGTTCTCGTCGCCATTGCCGGCGCCGAAGATCCGTACAGGTTCTTCAACTGGAATGTTACCTACGGCGATATTTATCCTCTCGGAGTCCGTCAACAGGGGATTTTGATCAATGGACAGTTTCCAGGACCTGATATTCACTCCGTCACAAATGACAATCTCATTATCAATGTCTTTAACAGCTTGTCCGAGCCTTTTCTTATCTCCTGGAATGGAGTTCAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1626 bp · LXL04_035741|LXL04_035741|OH1004|CDS

ATGCCGCGAAGCTTCGCGGTCTGCATTGCCATCGGAGCTGTTCTCGTCGCCATTGCCGGCGCCGAAGATCCGTACAGGTTCTTCAACTGGAATGTTACCTACGGCGATATTTATCCTCTCGGAGTCCGTCAACAGGGGATTTTGATCAATGGACAGTTTCCAGGACCTGATATTCACTCCGTCACAAATGACAATCTCATTATCAATGTCTTTAACAGCTTGTCCGAGCCTTTTCTTATCTCCTGGAATGGAGTTCAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

541 aa · LXL04_035741|LXL04_035741|OH1004|PROTEIN

MPRSFAVCIAIGAVLVAIAGAEDPYRFFNWNVTYGDIYPLGVRQQGILINGQFPGPDIHSVTNDNLIINVFNSLSEPFLISWNGVQQRRNSYEDGVFGTTCPIPPGRNFTYILQVKDQIGSFYYFPSLAFHKAAGGFGGIRILSRPRIPVPFDEPAGDYTVLIGDWYKANHTLLRRILDGGHKIPFPDGILINGRGPNGASFTVEQGKTYRLRISNVGLQNSLNFRIQNHKMKLIEVEGTHTVQQTYSSLDVHCGQSYSV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035741`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035741

位置 Chr08:28127093-28132018 (+)

描述 Similar to L-ascorbate oxidase homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55560`	可能参与花粉管生长的可疑氧化还原酶。	Two Arabidopsis late pollen transcripts are detected in cytoplasmic granules.2017 · DOI: 10.1002/pld3.12
`At4g12420`	可能是一种具有未知特异性的单铜氧化酶。	暂无已核实直接文献
`At5g51480`	单铜氧化酶样蛋白 SKS2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035741 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009932 cell tip growth 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0098552 side of membrane 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55560

ath:AT4G12420

ath:AT5G51480

bna:106452325

nta:107766889

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.895

排名 1 · LXL04_035741 · OH-1004

细胞质0.040

排名 2 · LXL04_035741 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 3 · LXL04_035741 · OH-1004

内质网0.020

排名 4 · LXL04_035741 · OH-1004

细胞核0.018

排名 5 · LXL04_035741 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07732.22Cu-oxidase_332-145 aa

PF00394.29Cu-oxidase158-295 aa

PF07731.21Cu-oxidase_2376-514 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035741	`PF07732.22`	Cu-oxidase_3	32	145	4.2e-38	130.8
LXL04_035741	`PF00394.29`	Cu-oxidase	158	295	3.8e-46	157.8
LXL04_035741	`PF07731.21`	Cu-oxidase_2	376	514	1.9e-30	106.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMW3`	拟南芥	Protein SKU5 SIMILAR 14	52.311%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SU40`	拟南芥	Monocopper oxidase-like protein SKU5	50.545%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FHN6`	拟南芥	Monocopper oxidase-like protein SKS2	47.681%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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