LXL04_035707 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035707

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 27501110-27504906 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1635 bp · LXL04_035707|LXL04_035707|OH1004|cDNA

ATGTTGCTAGGtgatttttccaaaaaaagAATTCGCAAATCATCGGATACAGAAGAACGCTGTTCTTGCTCCCTGCCGATTCTGCAAATCCTTCCTCCTGTTGCGAGAGAAAGGGGAGACATGACTGCTGCGGCATACGGTCAGCTTAATCTCGAAGAGTCGCCATCATGGGGTTCTCGAAGTGTAGACTGTTTCGAAAAACTTGAACAAATTGGCGAAGGAACATACGGTCAAGTATACATGGCCAGAGAATTAAAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1635 bp · LXL04_035707|LXL04_035707|OH1004|CDS

ATGTTGCTAGGTGATTTTTCCAAAAAAAGAATTCGCAAATCATCGGATACAGAAGAACGCTGTTCTTGCTCCCTGCCGATTCTGCAAATCCTTCCTCCTGTTGCGAGAGAAAGGGGAGACATGACTGCTGCGGCATACGGTCAGCTTAATCTCGAAGAGTCGCCATCATGGGGTTCTCGAAGTGTAGACTGTTTCGAAAAACTTGAACAAATTGGCGAAGGAACATACGGTCAAGTATACATGGCCAGAGAATTAAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

544 aa · LXL04_035707|LXL04_035707|OH1004|PROTEIN

MLLGDFSKKRIRKSSDTEERCSCSLPILQILPPVARERGDMTAAAYGQLNLEESPSWGSRSVDCFEKLEQIGEGTYGQVYMARELKTGEIVALKKIRMDNEKEGFPITAIREIKILKKLQHENVIKLKEIVTSSGPEVDEHGKSGGHMYKGSIYMVFEYMDHDLTGLSDRPGLRFTIPQIKCYMKQLLTGLHYCHVNQVLHRDIKGSNLLIDNEGNLKLADFGLARSYSTDCKGNLTNRVITLWYRPPELLLGATRYGPS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035707`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035707

位置 Chr08:27501110-27504906 (+)

描述 Similar to CDKC-1: Cyclin-dependent kinase C-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10270`	细胞周期蛋白dependent kinase C-1。	暂无已核实直接文献
`At5g64960`	细胞周期蛋白dependent kinase C-2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0958000`	细胞周期蛋白dependent kinase C-2。	暂无已核实直接文献
`Os05g0389700`	细胞周期蛋白dependent kinase C-1。	暂无已核实直接文献
`Os08g0453800`	细胞周期蛋白dependent kinase C-3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035707 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048440 carpel development 生物过程

GO:0050792 regulation of viral process 生物过程

GO:0000307 cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016604 nuclear body 细胞组分

GO:0004693 cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G10270

ath:AT5G64960

dosa:Os01g0958000

dosa:Os05g0389700

osa:9268645

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.788

排名 1 · LXL04_035707 · OH-1004

细胞质0.364

排名 2 · LXL04_035707 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 3 · LXL04_035707 · OH-1004

线粒体0.027

排名 4 · LXL04_035707 · OH-1004

内质网0.026

排名 5 · LXL04_035707 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase65-364 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr67-287 aa

PF03109.23ABC1195-242 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035707	`PF00069.32`	Pkinase	65	364	2e-72	244.5
LXL04_035707	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	67	287	2.1e-28	100.0
LXL04_035707	`PF03109.23`	ABC1	195	242	6.6e-07	29.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFT8`	拟南芥	Cyclin-dependent kinase C-1	72.361%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W4P1`	拟南芥	Cyclin-dependent kinase C-2	72.381%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JK68`	水稻	Cyclin-dependent kinase C-2	79.043%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6I5Y0`	水稻	Cyclin-dependent kinase C-1	78.132%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZAG3`	水稻	Cyclin-dependent kinase C-3	58.696%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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