LXL04_035653 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035653

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 26401389-26410086 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2304 bp · LXL04_035653|LXL04_035653|OH1004|cDNA

ATGGGGAAGGTATCGTATATGAAGCTTAAAGGTAGTCAAAACCTAAGACAACGGCTACTTCTGTCAACCCTCACTTCAACACCGATTCTAATCGAGGATATCCATGCCGACTCCACCTGGCCTGGACTCCTTGAGCACGAGATCAAGCTGCTCCGCCTTCTCGAAAAGATTTCCGATGACTGCCATGTGGAAATCAACGAATCTGGGACGAAGTTGAAGTACAAGCCTGGGATAGTGATGGGTGGGGGATATCTGGAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2304 bp · LXL04_035653|LXL04_035653|OH1004|CDS

ATGGGGAAGGTATCGTATATGAAGCTTAAAGGTAGTCAAAACCTAAGACAACGGCTACTTCTGTCAACCCTCACTTCAACACCGATTCTAATCGAGGATATCCATGCCGACTCCACCTGGCCTGGACTCCTTGAGCACGAGATCAAGCTGCTCCGCCTTCTCGAAAAGATTTCCGATGACTGCCATGTGGAAATCAACGAATCTGGGACGAAGTTGAAGTACAAGCCTGGGATAGTGATGGGTGGGGGATATCTGGAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

767 aa · LXL04_035653|LXL04_035653|OH1004|PROTEIN

MGKVSYMKLKGSQNLRQRLLLSTLTSTPILIEDIHADSTWPGLLEHEIKLLRLLEKISDDCHVEINESGTKLKYKPGIVMGGGYLEHDCGLSRSIGYFLEPLIVLGLFGKKPLSINLKGITNDPKDPSVDTFRSTTLPLLKRFGVPSEGLELKIVSRGVAPLGGGEVTLSVPIVHSSLKPVTWTDEGMVKRIRGISFSTRVSVQFENTMIHAARGIFNRLLPDVHIFTDHKAGSQAGKSPGYGISLVAETTSGCYISVDT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035653`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035653

位置 Chr08:26401389-26410086 (-)

描述 Similar to At5g22100: Probable RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22100`	不具有环化酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035653 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000447 endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000479 endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000480 endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程

GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分

GO:0045335 phagocytic vesicle 细胞组分

GO:0004521 RNA endonuclease activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G22100

ddi:DDB_G0282803

hsa:10171

mmu:59028

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.453

排名 1 · LXL04_035653 · OH-1004

细胞质0.221

排名 2 · LXL04_035653 · OH-1004

过氧化物酶体0.207

排名 3 · LXL04_035653 · OH-1004

细胞核0.142

排名 4 · LXL04_035653 · OH-1004

质体0.046

排名 5 · LXL04_035653 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01137.27RTC8-353 aa

PF05189.19RTC_insert184-300 aa

PF01137.27RTC418-466 aa

PF15011.13CA109-like613-653 aa

PF15011.13CA109-like654-766 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035653	`PF01137.27`	RTC	8	353	1.7e-66	224.3
LXL04_035653	`PF05189.19`	RTC_insert	184	300	2.6e-28	99.1
LXL04_035653	`PF01137.27`	RTC	418	466	1.7e-66	224.3
LXL04_035653	`PF15011.13`	CA109-like	613	653	7.8e-37	127.5
LXL04_035653	`PF15011.13`	CA109-like	654	766	7.8e-37	127.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C578`	拟南芥	Probable RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein	67.945%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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