LXL04_035645 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035645

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 26244991-26250174 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1947 bp · LXL04_035645|LXL04_035645|OH1004|cDNA

ATGACAGAATCCGGAGGGGAGAAAAAGAAGAGAGTGGTGGTTATTGGCGGCGGCGTAGCAGGTTCTCTTCTTTGCAAAACCCTTCAAAAACATCGACATTTTGATTTCACCCTCATTGATTCGAAAGAGTATTTTGAGGTCACATGGGCAAGATTAAGGTCAATGGTGGAACCATCATTTGCAAAAAGATCTATAATCAATCACCACGAATATCTTCAAGGAGCAAGCATTATCACATCTGATGCAAACGGGATTGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1947 bp · LXL04_035645|LXL04_035645|OH1004|CDS

ATGACAGAATCCGGAGGGGAGAAAAAGAAGAGAGTGGTGGTTATTGGCGGCGGCGTAGCAGGTTCTCTTCTTTGCAAAACCCTTCAAAAACATCGACATTTTGATTTCACCCTCATTGATTCGAAAGAGTATTTTGAGGTCACATGGGCAAGATTAAGGTCAATGGTGGAACCATCATTTGCAAAAAGATCTATAATCAATCACCACGAATATCTTCAAGGAGCAAGCATTATCACATCTGATGCAAACGGGATTGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

648 aa · LXL04_035645|LXL04_035645|OH1004|PROTEIN

MTESGGEKKKRVVVIGGGVAGSLLCKTLQKHRHFDFTLIDSKEYFEVTWARLRSMVEPSFAKRSIINHHEYLQGASIITSDANGIEDEEVSTTEGRLISYDYLVIATGHIGSKCVTKSEKLREYEADNEKIKSAESILIIGGGPTGVELAGEIAVDFPTKKVKLVHRGSRLLEFIDEKASKKVLDWLTIKKVEVILGQSVDLASRSEDGTYQTSEGETIMADCHFQCTSDPIGSSWLKNTILKDSLTDSGRLMVDPNMRV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035645`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035645

位置 Chr08:26244991-26250174 (+)

描述 Similar to VPS60-2: Vacuolar protein sorting-associated protein 60.2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04850`	可能是内体分选所需的运输复合体III（ESCRT-III）的外周相关组分，参与多泡体（MVBs）形成和内体货物蛋白向MVBs的分选。	暂无已核实直接文献
`At3g10640`	可能是内体分选所需的运输复合体III（ESCRT-III）的外周相关组分，参与多泡体（MVBs）形成和内体货物蛋白向MVBs的分选。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035645 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001919 regulation of receptor recycling 生物过程

GO:0006900 vesicle budding from membrane 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0006997 nucleus organization 生物过程

GO:0007040 lysosome organization 生物过程

GO:0007080 mitotic metaphase chromosome alignment 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0031468 nuclear membrane reassembly 生物过程

GO:0032511 late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0036258 multivesicular body assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G10640

ath:AT5G04850

mmu:76959

pon:100172361

rno:297995

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.405

排名 1 · LXL04_035645 · OH-1004

线粒体0.272

排名 2 · LXL04_035645 · OH-1004

过氧化物酶体0.184

排名 3 · LXL04_035645 · OH-1004

细胞核0.179

排名 4 · LXL04_035645 · OH-1004

细胞膜0.102

排名 5 · LXL04_035645 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07992.21Pyr_redox_211-288 aa

PF00070.34Pyr_redox137-209 aa

PF03357.27Snf7429-623 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035645	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	11	288	1.2e-31	111.0
LXL04_035645	`PF00070.34`	Pyr_redox	137	209	7.3e-13	49.6
LXL04_035645	`PF03357.27`	Snf7	429	623	9.3e-49	166.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMC5`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 60.2	78.903%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LPN5`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 60.1	76.695%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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