基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_035536
当前版本: OH-1004
染色体: Chr08
坐标: 24284141-24289566
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA4386 bp · LXL04_035536|LXL04_035536|OH1004|cDNA
ATGACGCCTGTAGATATTGCTGTTTCTGTTTTGGCAAAGCTGCTTGAATATATTGCTCGTCCAATCGTACAGCCGTTTGATTACATTTTTCACCATAATACCAACATTAATGGTTTAAGAAACCGGATGTTGTGTCTGGAAAATACTCGAACCGGGGTCCATCGTCAGGTGCATATAGCTGAAAGGAATGGAGACCTTGTTCTCCCAAACGTACAAGATTGGCTTGCCAAAGCAAATGGTTTAGCAACAGAATCTCAGAA...
CDS
下载 CDS FASTA4386 bp · LXL04_035536|LXL04_035536|OH1004|CDS
ATGACGCCTGTAGATATTGCTGTTTCTGTTTTGGCAAAGCTGCTTGAATATATTGCTCGTCCAATCGTACAGCCGTTTGATTACATTTTTCACCATAATACCAACATTAATGGTTTAAGAAACCGGATGTTGTGTCTGGAAAATACTCGAACCGGGGTCCATCGTCAGGTGCATATAGCTGAAAGGAATGGAGACCTTGTTCTCCCAAACGTACAAGATTGGCTTGCCAAAGCAAATGGTTTAGCAACAGAATCTCAGAA...
1461 aa · LXL04_035536|LXL04_035536|OH1004|PROTEIN
MTPVDIAVSVLAKLLEYIARPIVQPFDYIFHHNTNINGLRNRMLCLENTRTGVHRQVHIAERNGDLVLPNVQDWLAKANGLATESQNFLSDEVDRNHRCFSGSCPDLKLIYKSSREAKKKRAAVDELVERGKFDYVSQPARRPPIWPSIAVAATTSLGDLDGFESRKSQLRSTMEALEDDNVNIIGVYGMGGIGKTTFVEEVARQADALQLFDEMVMMVVSHKPNLKKLQGDLAEMLELNLKEEGELLRTARLRERLNQV...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_035536 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_035536 |
|---|---|
| 位置 | Chr08:24284141-24289566 (-) |
| 描述 | Similar to At4g27220: Probable disease resistance protein At4g27220 |
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 | |
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · |
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程 GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程 GO:0012501 programmed cell death 生物过程 GO:0016045 detection of bacterium 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0098542 defense response to other organism 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0000166 nucleotide binding 分子功能 |
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G12220 ath:AT4G26090 ath:AT4G27190 ath:AT4G27220 ath:AT5G05400 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.472
细胞质0.333
细胞核0.230
内质网0.103
溶酶体／液泡0.036
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00931.29NB-ARC170-331 aaPF23598.2LRR_14586-714 aaPF23598.2LRR_14784-1071 aaPF23247.2LRR_RPS2795-912 aaPF23247.2LRR_RPS2967-1113 aaPF23247.2LRR_RPS21103-1183 aaPF23247.2LRR_RPS21198-1343 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_035536 | PF00931.29 | NB-ARC | 170 | 331 | 9.6e-33 | 113.9 |
| LXL04_035536 | PF23598.2 | LRR_14 | 586 | 714 | 2.8e-11 | 43.5 |
| LXL04_035536 | PF23598.2 | LRR_14 | 784 | 1071 | 2.8e-11 | 43.5 |
| LXL04_035536 | PF23247.2 | LRR_RPS2 | 795 | 912 | 3.7e-86 | 287.7 |
| LXL04_035536 | PF23247.2 | LRR_RPS2 | 967 | 1113 | 3.7e-86 | 287.7 |
| LXL04_035536 | PF23247.2 | LRR_RPS2 | 1103 | 1183 | 3.7e-86 | 287.7 |
| LXL04_035536 | PF23247.2 | LRR_RPS2 | 1198 | 1343 | 3.7e-86 | 287.7 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
O81825 | 拟南芥 | Probable disease resistance protein At4g27220 | 31.699% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9T048 | 拟南芥 | Disease resistance protein At4g27190 | 29.873% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q42484 | 拟南芥 | Disease resistance protein RPS2 | 27.728% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9FLB4 | 拟南芥 | Putative disease resistance protein At5g05400 | 27.217% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
O64973 | 拟南芥 | Disease resistance protein RPS5 | 27.897% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |