LXL04_035530 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035530

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 24177832-24180040 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1158 bp · LXL04_035530|LXL04_035530|OH1004|cDNA

ATGGCTTCATCGTCTTCTTCAGAAGGTAAAAATGACGAGAGGGAGACGGCTTCTTCGAAGTTGAAAAAGGAAGGATTAGGATGGATGGAGTGGCTTAGAGGTTGGTTCTATTTGGCATACGAGATGCTTTTTCAGAGAATAATGGCGTCTCATTTGCAGAATCCGATGCCTTTGCCTCCCCTCAGCGATTTCACTTGCATCATTACCGGATCAACCAGTGGTATCGGCCGAGAAACTGCCAGACAGCTGGCAGAAGCAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1158 bp · LXL04_035530|LXL04_035530|OH1004|CDS

ATGGCTTCATCGTCTTCTTCAGAAGGTAAAAATGACGAGAGGGAGACGGCTTCTTCGAAGTTGAAAAAGGAAGGATTAGGATGGATGGAGTGGCTTAGAGGTTGGTTCTATTTGGCATACGAGATGCTTTTTCAGAGAATAATGGCGTCTCATTTGCAGAATCCGATGCCTTTGCCTCCCCTCAGCGATTTCACTTGCATCATTACCGGATCAACCAGTGGTATCGGCCGAGAAACTGCCAGACAGCTGGCAGAAGCAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

385 aa · LXL04_035530|LXL04_035530|OH1004|PROTEIN

MASSSSSEGKNDERETASSKLKKEGLGWMEWLRGWFYLAYEMLFQRIMASHLQNPMPLPPLSDFTCIITGSTSGIGRETARQLAEAGAHVVMAVRNTKAAHDQIQKWQDEWSGRGLPLNIEVMELDLLSLDSVVRFSKAWNARLGPLHVLINNAGIFSIGEPQKFSKDGYEEHMQVNHLAPALLSVLLLPSLIRGSPSRIVNVNSIMHQVGFVDTEDMNVVSGKRKFTSLVGYSGSKLAQVMFSNILHKKLPNEAGISVI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035530`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035530

位置 Chr08:24177832-24180040 (+)

描述 Similar to FEY: Dehydrogenase/reductase SDR family member FEY

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27760`	推测氧化还原酶（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035530 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001523 retinoid metabolic process 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0030178 negative regulation of Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0042572 retinol metabolic process 生物过程

GO:0042574 retinal metabolic process 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0071560 cellular response to transforming growth factor beta stimulus 生物过程

GO:0110095 cellular detoxification of aldehyde 生物过程

GO:2000024 regulation of leaf development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G27760

hsa:51109

hsa:51741

mmu:80707

pon:100172779

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.463

排名 1 · LXL04_035530 · OH-1004

细胞质0.163

排名 2 · LXL04_035530 · OH-1004

线粒体0.134

排名 3 · LXL04_035530 · OH-1004

高尔基体0.126

排名 4 · LXL04_035530 · OH-1004

细胞核0.099

排名 5 · LXL04_035530 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08659.17KR65-175 aa

PF00106.32adh_short66-212 aa

PF13561.13adh_short_C272-276 aa

PF00106.32adh_short220-275 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035530	`PF08659.17`	KR	65	175	1.3e-09	38.9
LXL04_035530	`PF00106.32`	adh_short	66	212	4.1e-34	118.5
LXL04_035530	`PF13561.13`	adh_short_C2	72	276	5.6e-20	72.6
LXL04_035530	`PF00106.32`	adh_short	220	275	4.1e-34	118.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JJR8`	拟南芥	Dehydrogenase/reductase SDR family member FEY	74.860%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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